当今世界，区域科技合作已成为各国应对科技创新不断加快、科技复杂性不断加大形势的最佳选择。随着两岸科技实力的稳步提升，结合两岸关系发展的良好态势，两岸交流合作日益朝着多样化、深层次发展。作为两岸交流合作中的重要组成部分，两岸科技合作不仅表现出一般区域合作的特点及发展趋势，也有其特有的演化规律。　　科技合作本身是个复杂的系统，它包含了机构、作者、知识等要素以及要素间的相互影响和作用。目前国内对科技合作的研究大多是从机构合作或作者合著的角度来展开，忽略了各因素间的相互影响，因此不能完全刻画出真实的科技合作，而有关两岸科技合作的研究更只是简单的定性描述，因此本文利用超网络模型的来研究两岸科技合作。　　在对两岸科技合作现状及演化规律进行分析的基础上，本文构建了两岸科技合作超网络，对两岸科技进行全方位、立体化的分析，具体工作如下:　　一是从研究领域、机构等角度对两岸科技合作进行分析，发现两岸科技合作的热点领域、合作区域和核心机构分布，并通过四个阶段的对比，发现两岸科技合作在以上各方面的发展趋势;　　二是构建两岸科技合作超网络，从横向和纵向对两岸科技合作进行系统的分析，并提出两岸科技合作超网络的具体应用，通过子网间的映射关系分析具体机构的合作行为，提供定位导航功能以及发现网络中潜在的合作关系等。通过以上种种应用，我们对促进两岸科技合作提供一些指导性的意见。