农作物品种保护制度是育种机构利益的有效政策与制度保障。本文的目标是对我国实施农作物品种保护制度的现状及相关政策进行分析,研究农作物新品种保护制度的经济影响,并据此提出进一步规范种业市场,深化农业科研体制改革和加深农民对品种认识的对策建议。为了达到上述研究目标,本文对政府育种科研机构和育种企业采取问卷调查的方式,获得其单位性质、科研投入、实行农作物品种保护概况、有关品种研发、推广、品种权申请、转让等详细的第一手数据,在此基础上分析了我国农作物品种保护制度对种业市场的影响；对育种机构科研投入的影响,其中科研投入包括科研经费投入和科研人员投入；与此同时,采用广东、浙江、湖南三省从1999-2008年生产上所有种植面积大于10万亩的水稻品种(包括保护品种和未保护品种)数据,构建了两个计量经济模型,第一个运用二元选择模型中的probit模型对育种机构申请品种保护行为进行分析,第二个运用联立方程模型定量分析了品种保护制度对种子价格和农民新品种采用的影响。最后从农作物品种保护制度、种业市场、育种机构和农民认知四个方面提出了相应对策建议。本文的研究主要得出以下几点结论：(1)农作物品种保护制度实施以来,总体情况良好：农作物品种保护申请和授权保护品种总量众多,但与发达国家相比还存在相当大的差距,需要进一步加强农作物品种保护体系的建设；(2)我国种业市场快速发展,但是种业市场发展并不充分：种子行业进入整合阶段,并由品种保护制度催生了品种权转让市场,整体不断向市场化推进,但是种子企业众多,竞争激烈,我国种业市场管理并不规范,加之国际种业巨头强势介入,种子企业特别是中小种子企业面临内忧外困的局面,套牌、假冒、侵权事件时有发生。因此亟需规范种业市场：积极引导和规范大中型企业的行业整合,进一步推进市场化进程,谨慎对待种子行业的外资,加强品种权保护执法体系建设,坚决打击套牌、假冒、侵权等违法行为；(3)育种科研投入与产出情况发生转变：科研经费投入来源主要是白筹经费,科研人员投入更高水平,高学历,也正是基于这些转变,必须进一步深化育种科研体制改革：积极引导社会资本投入育种研发,积极拓宽育种科研人员的就业渠道,发挥农作物品种保护制度对科研质量评价的标杆作用；(4)政府育种机构责任不明确：一是其科研方向不明确,政府部门育种机构并没有把主要精力放在基础研究领域上；二是承担的公益性责任还远远不够,因此,需要积极引导育种机构行为,促使政府部门育种机构承担更多的基础研究责任和公益性责任；(5)农作物品种保护制度提高了种子价格,并影响到农民选择,而品种保护制度并不直接影响农民选择,针对这一情况,需要加深农民对保护品种的认知度,如加深农民对保护品种的品种特性(产量、稻谷、米质等)的认知,推广过程中要加大对保护品种的品种特性的宣传、政策层面上明确农作物品种保护制度的导向作用。