随着学科专业的逐步精细化,学术研究越来越需要多学科的知识相互融合,各学科研究人员需要协同合作完成科研活动。我国科研合作的范围和规模在不断增大,无论是个人还是机构、组织或国家,都越来越重视科研合作,科研合作行为也成为了学术领域的主要研究活动之一。现实复杂网络中的关系属性并不单一,实体之间的关系多种多样,对于同一现象的揭示可以从多种关系层面进行,在弥补单一角度的单调性同时又能够发掘更深层次的隐藏信息。超网络是一种基于网络的网络,具有多层次、多维度等特性,能够涵盖现实网络的诸多复杂特性的一种特殊复杂网络,是当前复杂网络研究领域中的一个新热点。以往学术.网络中的机构主题结构研究中,以大学网站作为主要的研究对象,因此数据采集和数据分析往往以整个大学的网站为基本分析单元。随着大学机构中的学科结构逐步综合化趋势的不断发展,越来越多的专业院校在大学层面的学科特点已经不如以前那么鲜明。而学院或系是大学中最主要的教学和科研二级单位,它们的设置往往带有很强的学科特点,大学内部各个学院/系之间存在一定的研究主题的交叉,但总体上保持相互独立。因此,本研究中构建了基于学院/系层面的大学学科显著性模型,以量化的角度提取大学机构的代表学科。除了传统的基于文献的合著网络研究外,本研究将学术机构的关联关系扩展到web空间。将链接行为与传统文献中的引用行为和合著行为类比,形成链接网络、合著网络和引用网络三个角度的机构学科关系研究,以网络计量和文献计量的方式揭示机构群体的学科聚类关系在web空间和传统文献资源中的社区结构一致性,并进一步探讨机构合作行为的主要影响因素。另外,本研究构建了基于机构学科属性的超网络,从超网络的层面对机构之间的学科关系进行多角度、多层次、多维度的全面分析,作为超网络关联下机构间关系分析研究的开端。研究结果发现,在对社区结构的划分结果中,模块度与实际划分意义间存在偏差;链接网络和引用网络的社区影响因素中学科因素占主导,地域影响因素较小;合著网络中主题和地域因素影响力都较明显,但地域影响程度更高。通过本文的研究,有助于我们从机构的层面更好地了解我国学术机构间的合作行为或潜在合作意愿在web空间和传统文献资源中的相关情况,并通过多重关系角度对我国学术机构的学科相关关系进行了对比分析,揭示三种关系网络之间的异同性,可以为相关机构在进行学科评价、知识结构分析和人力资源挖掘的实践中提供重要参考。