本文旨在研究塔里木河流域叶尔羌高原鳅因生活水域缩小及水域分布破碎化、外来物种竞争生存空间等生态环境恶化原因而造成的差异,以期分析其遗传多样性,从而为保护和开发该物种提供基础性资料,为引进水产物种提供借鉴。本研究共完成3个部分,具体内容如下:(1)塔里木河叶尔羌高原鳅形态学特征研究为了更好地保护塔里木河水系的渔业资源并修复塔里木河流域的生态平衡,采用经典的生物学方法对塔里木河的五个河段叶尔羌高原鳅形态生物学进行测定分析。结果表明:阿克苏河、台南河、阿尔干、台特玛湖、车尔臣河五个群体的叶尔羌高原鳅体长范围是69.23~137.51 mm、63.24~85.54 mm、56.71~78.61 mm、65.7~76.58 mm、49.94~128.61mm;肥满度,阿克苏河、阿尔干、台特玛湖无明显差异(P>0.05),其与台南河、车尔臣河差异极显著(P<0.01),且台南河肥满度较高,阿克苏河、阿尔干、台特玛湖群体依次降低,车尔臣河肥满度最低;五个群体间眼径/体长、眼径/眼间距差异极显著(P<0.01);阿克苏河与台南河、阿尔干、台特玛湖与车尔臣河群体间的体高/体长、体宽/体长差异极显著(P<0.01);聚类分析显示阿尔干群体与台特玛湖群体聚为一类,阿克苏河群体与台南河群体聚为一类,车尔臣河群体单独聚为一类。说明塔里木河各河段叶尔羌高原鳅群体仍属于同一个物种,虽然个体间已经有特征异化的迹象,但还没有达到亚种分化水平;出现的特征异化现象是受干流长时间断流、种群之间缺乏交流、生境破碎化等因素的影响,造成生存条件的各方面发生改变而导致其形态特征表现出差异性。因此,增加塔里木河的生态水流量以及保护鱼类资源迫在眉睫。(2)基于de novo高通量测序的叶尔羌高原鳅微卫星位点筛选与特征分析为保护该鱼资源而开发塔里木河流域叶尔羌高原鳅群体的微卫星标记,合成二、三碱基重复类型的100对引物,筛出33对多态性引物,进一步分析其多态性。结果显示:平均等位基因和有效等位基因分别为43.848和12.163,平均观测杂合度为0.239,说明用这平均期望杂合度平均值为0.902,多态性信息含量数值为0.890。碱基类重复型中二碱基重复次数在6~61次,三碱基在5~25次,四碱基在7~27次、五碱基在6~12次,六碱基在5~17次。研究发现,碱基数越多,重复次数越少,且随着碱基数量的增加,相应微卫星标记的数量也逐渐减少。二碱基、三碱基是该鱼微卫星标记的主要类型,明显比3个以上的多碱基类型所占比例高。还证明二碱基重复的微卫星标记明显比三碱基重复类型的微卫星标记多态性指数高。(3)基于微卫星标记的叶尔羌高原鳅群体遗传多样性分析为了研究塔里木河水系叶尔羌高原鳅5个群体的遗传多样性,挑选15对多态性较高的引物在叶尔羌高原鳅群体中进行扩增,以期分析其遗传多样性和种群分化情况。结果显示:叶尔羌高原鳅5个群体的平均等位基因和有效等位基因分别为48.467、15.181,观测杂合度和期望杂合度平均值分别为0.578和0.929,多态性信息含量值为0.893,种群间遗传分化系数为0.102。其中阿克苏河群体等位基因数最少(10.429),观测杂合度最高(0.706),多态信息含量最低(0.760);车尔臣河群体等位基因数最多(18.143),台特玛湖群体的观测杂合度最低(0.517),阿尔干群体的多态信息含量最高(0.877);阿克苏河与台南河群体的遗传距离最小(0.606),阿尔干与台南河群体遗传距离最大(1.901);阿尔干群体与台南河群体遗传相似度最小(0.149),阿克苏河与台南河群体的遗传相似度最大(0.545);群体遗传结构表明,车尔臣河与台特玛湖、阿克苏河与台南河、阿尔干群体分别聚为一支,最后聚到一起。研究表明,因生活水域破碎化而造成该鱼遗传多样性提高,塔里木河各个河段叶尔羌高原鳅基因有一定的差异,但是个体交流仍然存在。