本论文主要对蜘蛛3个科54个种的组蛋白H3基因的一级结构、二级结构及其蛋白质序列进行了分析结果表明：组蛋白H3基因不存在缺失/插入区，A、T、C、G含量比较平均，变异位点数122，简约信息位点数74；在所分析成员中存在高度保守的区段：“GGCCTGATACGA”。利用RNAdraw软件模拟的二级结构显示：二级结构与分类关系远近没有关联，DNA一级结构高度保守的区段都不分布在二级结构“茎”区。 氨基酸水平上不同科间差异比较大，而相同科内的所有成员氨基酸差异不明显(P＜0.05)，在所有分析的种内“ATVPGLYRWGFLTPPVAGAL”完全保守。 我们利用DNSP3.0软件计算了系统树每个支序的Ka/Ks比值(Ka/Ksratios)，结果显示：组蛋白H3基因在加速进化现象。进一步MacDonald-Kreitman中性检验(MacDonald-Kreitmanneutralitytestneutralitytest)检验结果证实谱系内基因的不同区域的选择压力不同。Slidingwindow分析支持蜘蛛组蛋白H3基因的3端承受着正向选择压力。 ML和Bayesan法构建的分子系统树基本一致，皿蛛科，圆蛛科和球腹科聚类为独立的三大支系，并且各科都形成单起源系，皿蛛科为第一支系，圆蛛科为第二支系，球腹科的所有成员聚集为第三大支系，所有的支持率都大于60﹪。 所有证据表明蜘蛛组蛋白H3基因在进化过程中进化速率不恒定，在特定的科内存在加速进化的现象，这对于我们从进化的角度研究组蛋白功能提供了一些有用的信息。