改革开放以来,区域经济发展中的地方政府合作问题受到了我国政府和学术界的关注。地方政府间的合作困境是我国区域经济一体化进程中亟待解决的一大现实难题。本文在对国内外相关理论进行梳理的基础上,回顾了我国地方政府合作的历程,将其划分为兴起、全面铺开、深入发展和走向规范四个阶段。然而,三十多年的时间过去了,合作成效却不尽如人意,在以长三角、珠三角和环渤海经济区为代表的各个经济区域内,重复建设、市场分割、地方保护、产业同构等现象屡禁不止。究其原因,在于地方政府个体利益与区域共同利益之间的冲突这一深层次的合作困境没有得到有效的化解。本文认为,地方政府利益最大化追求和地方政府的有限理性是合作困境产生的内在原因。作为理性的经济人,地方政府要追求自身利益的最大化,而地方政府利益与区域共同利益并不完全一致,两者既有共同性,也有差异性,一旦地方政府利益与区域共同利益发生矛盾,地方政府便会牺牲区域共同利益,使合作难以继续。因此,地方政府利益既是引发地方政府合作的根本诱因,也是导致地方政府合作困境的罪魁祸首。再加上受认知水平、信息以及决策条件不确定等多种因素的限制,地方政府的理性是有限的,这也进一步加深了合作困境。但地方政府利益最大化的内在诉求和地方政府的有限理性并非合作困境生成的充分条件,当前我国分权化改革的不到位、以GDP增长率为核心的政绩考核制度、条块分割的政府结构、地方政府间横向关系的法律依据缺失、利益分配和补偿制度的不合理、合作协调组织的松散化以及地方保护主义观念、乡土意识和行政等级观念等是导致合作失败的外部条件。本文对科层制、市场化和组织间网络三种现有地方政府合作困境化解模式的优势与不足进行了总结,并在此基础上探讨区域协同治理这一新的模式,对区域协同治理的内涵、特征、体系、优势和可行性进行了较为全面的分析。区域协同治理有助于减少地方政府之间的利益分歧,增强了地方政府对区域公共利益的回应性,实现了社会秩序与活力的结合,有助于缓解外部性和机会主义行为,突破了单一中心的有限理性,并为有效克服政府碎化问题提供了观念上的指导,符合当前世界各国政府治理范式变革的目标取向,是对科层制、市场化和组织间网络模式的超越。本文指出,区域协同治理需要相应的环境支持,尽管我国经济体制转轨、分权化改革和政府管理方式的创新分别为区域协同治理的实施创造了经济、社会和技术条件,但客观地说,当前我国区域主体所面临的现实环境与所要求的理想环境之间还有一定的差距,区域主体间的权力配置不合理、公民社会发育不良、社会信任危机和电子政务发展水平偏低给区域协同治理的实施制造了障碍。本文针对现实中的障碍,在借鉴国外区域治理的成功经验的基础上,提出我国区域协同治理的实施应该从合理配置公共权力、建立有效的治理组织、完善相关的保障制度、搭建数字化的治理平台和培育社会资本等方面着手。本文最后强调,区域协同治理并非包治百病的灵丹妙药,这一理论工具也有一定的局限性,可能面临区域利益与国家整体利益的冲突、治理主体的有限理性、统一性与多样性的冲突、开放性与封闭性的冲突以及责任和效率的冲突等问题,为此需要引入等级制的权威,建立适当的宏观组织框架对区域协同治理进行管理。