目的：获得几种典型赤潮藻——东海原甲藻(Prorocentrum donghaiense)、利玛原甲藻(Prorocentrum lima)、塔玛亚历山大藻(Alexandrium tamarense)、海洋卡盾藻(Chattonellia marina)聚酮合成酶基因，进行序列分析和同源性比较；观察聚酮合成酶基因在不同藻类中的表达情况，分析其与藻毒素合成的关系。为赤潮毒素相关基因的分析、鉴定以及赤潮毒素合成机制的研究提供参考和依据。方法：利用兼并引物，通过PCR技术扩增东海原甲藻、利玛原甲藻、塔玛亚历山大藻、海洋卡盾藻聚酮合成酶基因片段，将基因片段与PMD18-T载体进行TA连接，阳性克隆测序。所得序列在NCBI网站上进行BLAST比对。利用生物软件Dnastar，Dnaman等绘制同源性图谱和系统进化图谱，进行同源性和系统进化分析。根据测得序列设计特异性引物，采用RT-PCR技术观察聚酮合成酶基因在不同赤潮藻中的表达情况。结果：在东海原甲藻、利玛原甲藻、塔玛亚历山大藻中均扩增出700bp左右条带，与文献报道PKS基因大小一致。海洋卡盾藻中未出现PKS基因条带。表明PKS基因存在于东海原甲藻、利玛原甲藻、塔玛亚历山大藻，而海洋卡盾藻中可能不存在PKS基因。序列分析发现，不同藻中PKS氨基酸序列在其他物种之间的同源性比较高，达到61.43％；系统进化图谱显示，利玛原甲藻和海洋原甲藻聚为一支，塔玛亚历山大藻与一种假单胞菌聚为一个进化分支，东海原甲藻与其他物种分支较远。PKS基因在腹泻性贝毒产毒藻——利玛原甲藻中有显著表达，但在非产毒藻——东海原甲藻和麻痹性贝毒产毒藻——塔玛亚历山大藻中无明显表达。结论：成功获得典型赤潮藻(东海原甲藻、利玛原甲藻和塔玛亚历山大藻)PKS基因片段，并登录Genbank，登录号为EF521599，EF521600，EF521601。PKS基因在利玛原甲藻中有显著表达，但在东海原甲藻、塔玛亚历山大藻中无明显表达，提示海洋卡盾藻中可能不存在PKS基因，腹泻性贝毒的合成可能与PKS基因的表达有一定关系。