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本文运用RAPD和AFLP标记分别对29个和21个不同来源的山药品种进行了种质资源遗传多样性研究。结果表明：(1)CTAB微量法(采用3％CTAB附加2％β-巯基乙醇和5％PVP作为提取缓冲液，用氯仿/异戊醇抽提一次)提取的山药基因组DNA可以满足RAPD反应。(2)从80条RAPD引物中筛选出20条多态性强的引物，这20条RAPD引物对30份山药材料共扩增出283条带，其中241条带具有多态性，多态性条带百分比为85.16％。将20种引物的扩增图谱进行综合比对分析，可区分开所有的29个品种。(3)RAPD分析的29个山药品种两两之间的Jaccard相似系数在0.28-0.87之间，平均相似系数为0.53。构建的聚类图将30份山药材料划分为4类：偃师野山药1号单独聚为一类；铁棍山药和铁棍山药组培苗聚为一类；小叶山药、花籽山药、日本园山药、白山药、嵩县野山药1号和云台山野山药聚为一类；其他21个品种为一类，主坐标分析结果支持上述的聚类分析结果。(4)适于山药AFLP反应的基因组DNA的提取方法是：用CTAB大量法提取山药DNA，3％CTAB附加3％β-巯基乙醇和5％PVP作为提取缓冲液，醇沉后，用TE溶解取上清再醇沉。(5)FAFLP观察结果，在50-500bp间4对引物组合共扩出790个峰，平均每对引物扩出197.5个峰，记录461个峰，多态性峰百分比高达90.00％。单对引物即可将22份材料完全区分开。(6)AFLP分析的21个山药品种之间的遗传相似程度较低，相似系数在0.36-0.79之间，平均遗传相似系数为0.52。基于AFLP所得聚类图，22份材料划分为4个类群，盾叶薯蓣单独聚类；云台山野山药、日本园山药、小叶山药、白山药聚为一类群；铁棍山药、怀庆1号山药、47号山药和沙滩园山药聚为一类，其他13个不同产地的品种归为一类，主坐标分析分组结果支持聚类分析的结果。本实验建立了山药RAPD和AFLP分析体系，为进行山药药品质量评价、品种的鉴定、选育以及构建山药核心种质，提供了分子水平的依据和技术支持。