半夏Pinellia ternata(Araceae，天南星科)为多年生草本植物，干燥块茎入药，具有燥湿化痰、降逆止呕、消痞散结的作用，为临床常用中药。以江汉平原为主产区所产半夏习称荆半夏，是享誉海内外的湖北道地药材之一。为了研究荆半夏不同居群之间的分子系统发生关系，本论文基于一个核DNA内部基因转录区2（ITS2)和一个叶绿体基因酪氨酸蛋白激酶(MATK)对其进行了系统进化分析。结果表明：　　（1）获得不同居群半夏完整ITS2序列长度为251-259bp，对位后长度为252bp，保守位点188个（74.61%），衍徵信息位点35（13.88%），衍徵信息位点29（11.51%）；不同居群半夏MATK序列矫正后长度479bp，对位后长度为479bp，保守位点474（98.96%），简约信息位点2（0.42%），衍徵信息位点3（0.62%）；首次证明ITS2序列在半夏不同居群之间存在明显的多态性，而matK多态性较差。　　（2）四种建树方法中，NJ法、MP法及BI法对ITS2和combines(ITS2+MATK)序列矩阵进行建树的内部差异小，树形稳定，三种方法构建的进化树一致性程度高；ML法对两个序列矩阵进行建树的内部差异大，树形不稳定，同其它三种方法构建的进化树一致性程度低；NJ、MP及BI法比ML法更适合用于半夏的分子系统学研究中。　　（3）NJ法、MP法及BI法基于ITS2和combines(ITS2+MATK)序列多态性所构建的进化树均显示，所有的荆半夏居群形成单起源进化枝；荆半夏进化枝作为半夏种的子分支存在。半夏分为两大类群：1.荆半夏类群（以江汉平原为主17县市）；2.其它类群（分布于湖北边界及外省地区）。　　（4）本研究从分子系统学上解决了在以湖北荆州为主的传统荆半夏类群产区划分问题，但根据结果，半夏其它外省居群起源问题并未解决，有待近一步收集样本进行研究。