目的:通过转录组学和蛋白质组学测序技术以及生物信息学分析,筛选在肝细胞癌（hepatocellular carcinoma,HCC）中存在明显表达差异的基因,并验证其在HCC中的表达;结合相关的临床病理参数探讨其与HCC患者生存预后的相关性。方法:我们收集了就诊于安徽医科大学第一附属医院肝胆外科的33例和20例HCC患者的新鲜组织标本（癌和癌旁）分别用于转录组学和蛋白质组学测序。结合筛选条件（P2）,我们将转录组学和蛋白质组学测序数据进行联合分析,筛选共同差异表达的基因和蛋白,然后对这些基因和蛋白进行功能富集分析;同时,我们从医院病理科调取了47例HCC患者的石蜡包埋组织（癌和癌旁）用于制作组织病理切片,并通过免疫组织化学方法来验证TOMM40L基因在HCC组织及相应癌旁组织中的表达情况;数据分析采用SPSS23.0软件,我们采用卡方检验或Fisher确切概率法来分析TOMM40L基因表达水平与年龄、性别、乙型肝炎病毒（hepatitis B virus,HBV）、肿瘤直径、术前血清甲胎蛋白（alpha fetoprotein,AFP）水平、转移、肿瘤病理分化程度、血管侵犯、肝硬化等临床病理特征之间的关系;采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线,Log-Rank检验用于比较两组患者的总生存期（overall survival,OS）;采用Cox回归分析探讨影响肝细胞癌患者生存预后的相关因素;GSEA富集分析用于分析TOMM40L基因参与的主要生物学过程。双侧检验显著性水平,P值小于0.05认为差异有统计学意义。结果:本研究第一部分根据转录组学测序结果,我们在HCC组织和癌旁组织中共获得318个差异表达基因,其中包括197个上调基因和121个下调基因,联合分析转录组学和蛋白质组学数据后共获得76个差异表达蛋白,包括44个上调蛋白和32个下调蛋白;GO功能注释显示,这些差异基因主要富集在氧化还原、蛋白质结合、DNA复制等过程;KEGG功能富集分析显示,这些差异基因在HCC中主要参与了代谢通路、抗生素生物合成、细胞周期等过程。其中我们发现TOMM40L在转录组学和蛋白质组学中都有较为明显的表达差异,因此我们选择TOMM40L作为本研究的目标基因。本研究第二部分通过免疫组织化学方法验证了TOMM40L在HCC组织中的表达明显高于其相应的癌旁组织;同时,我们对这47例HCC患者进行了回顾性研究:卡方检验结果显示TOMM40L的表达水平与门静脉侵犯（P=0.032）和肿瘤病理分化程度（P=0.017）有显著相关性,Kaplan-Meier生存分析结果发现TOMM40L高表达患者的OS明显短于低表达患者（P=0.022）,且多因素Cox回归分析结果提示TOMM40L基因可能是HCC患者预后的独立危险因素（HR=11.421,P=0.002）;最后,我们对TOMM40L基因进行了GSEA富集分析,发现TOMM40L基因主要富集在氨基t RNA的生物合成（aminoacyl t RNA biosynthesis）、膀胱癌（bladder cancer）、DNA复制（DNA replication）、N-聚糖生物合成（N-glycan biosynthesis）、蛋白质输出（protein export）和核苷酸代谢（nucleotide metabolism）等生物过程中。结论:TOMM40L基因可能是HCC的一个重要生物标志物,与患者的预后密切相关,TOMM40L高表达的HCC患者预后较差。