本研究利用SSR分子标记技术，以海南三亚河口、湛江特呈岛和泉州洛阳桥三个地区的白骨壤(Avicennia marina)种群为研究对象，比较分析三个白骨壤种群的遗传多样性、种群之间的遗传分化和繁育系统模式（包括花粉流、异交率和种子流）。主要结果为:　　1、10对核基因组SSR引物在742个个体检测到58个等位基因位点。每个引物扩增等位基因数在5-9个之间，平均5.8个。三个地区种群共出现了15个私有等位基因位点，在等位基因水平上已发现较大的分化与遗传距离。　　2、湛江白骨壤种群遗传多样性水平最高，其Shannon多样性指数I=1.206;其次是三亚种群(I=1.029)，最低的是泉州白骨壤的遗传多样性(I=0.998)。　　3、对三个种群之间遗传距离进行研究，结果表明，经过长期的演化或进化，三个种群之间的遗传分化非常显著(P＜0.01)，但发现种群之间互有少量基因交流现象。利用2对CP-SSR引物，对三个种群个体进行叶绿体基因组单倍型的研究，证明三个种群之间有繁殖体的交流，此现象可能是由繁殖体随洋流漂流产生的。　　4、三亚的白骨壤有效花粉平均传播距离是41.7 m，湛江白骨壤平均有效花粉传播距离仅为27.0 m，泉州地区平均有效花粉传播距离为31.9 m。通过混合交配模型计算的异交率表明湛江种群异交率最高，为0.911，三亚种群的异交率为0.876，泉州地区异交率最低，为0.730。　　5、研究三个种群的种子流发现:泉州地区白骨壤种群没有种子流。种群密度低的三亚地区有效种子传播距离较远，平均42.7 m。湛江白骨壤种群密度较高，繁殖体不容易被水流带到很远的位置，因此繁殖体平均扩散距离只有20.6米。　　本研究揭示了三亚、湛江、泉州白骨壤种群之间在遗传多样性、繁育系统等方面的分化模式。在三个白骨壤种群中，湛江种群拥有良好的年龄结构、更高的异交率都有利于使其拥有更高的遗传多样性水平，进而得到更大的种群竞争力。而泉州种群异交率低、年龄结构单一，加剧了遗传多样性的减少，进而使其种群竞争力的减弱。