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氟烷基因是导致猪应激综合征、影响猪肉品质的一个主效基因。nn型个体表现对应激敏感,胴体出现较高频率的PSE肉,给养猪生产造成严重的经济损失。 本实验采用PCR-RFLP技术检测了中国地方猪种成华猪、雅南猪、内江猪和太湖猪的氟烷基因型,并对氟烷基因PCR产物序列多态性进行了分析。 PCR-RFLP分析结果表明,所酶切的196个样品(成华猪36头,内江猪60头,太湖猪62头,雅南猪30头。)氟烷基因型均为NN。 在本次研究中,总共测定了五个品种(四个地方猪种和一个外种猪)16个个体659bp氟烷基因PCR产物序列。将所测的16条序列与网上下载的5条序列结合起来进行分析,分析结果表明:在这21条序列中,共发现16个变异位点,根据这些变异位点界定出15种单倍型。在这些变异位点中,其中有三个为颠换,其余的为转换。在这些变异位点中,内江猪四个个体18662位碱基均为T,而其它品种则无此突变,T18662为内江猪品种特征。在其他品种内并未发现其他有品种特征的碱基突变。 所测16条序列碱基组成相似。对这些序列进行分析,品种内的单倍型多样度和核苷酸多样度以及品种间的群体间平均核苷酸差异数(K)、群体间平均每位点核苷酸替代数(Dxy)、每位点净核苷酸替代数(Da)都较低。用双参数模型来计算各个品种内和品种间的遗传距离,也得到了类似的结论。 氟烷基因PCR产物序列中445~579为外显子部分,仅仅发现同义突变。将所测的序列翻译为氨基酸后,没有发现有氨基酸变异。