二斑叶螨不同发育时期基因组DNA甲基化水平的研究

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二斑叶螨TetranychusurticaeKoch和朱砂叶螨T.cinnabarinus(Boisduval)属于蛛形纲Arachinida、蜱螨亚纲Acari、真螨目Acariformes、叶螨科Tetranychidae,这两种叶螨对果树、温室栽培植物和观赏植物等有重大的危害,影响这些作物的生长生产,是世界上重要的农业害螨。叶螨的转播方式极为多样,它们可以爬行,也可以凭借风力、水流、昆虫、鸟兽和农业机具的传带等进行扩散。二斑叶螨和朱砂叶螨在欧美被认为是同一种螨类,因为在这两种叶螨的形态学特征和线粒体DNA水平上难以找出差别;而在中国等亚洲国家则认为这两种叶螨是两种不同的螨类,因为二斑叶螨和朱砂叶螨的成螨体色差异较大,遗传杂交实验常得到不亲和的结果。因此,如何正确地区分这两个近似种,在国内外一直存在很大的争议。前人为鉴别这两种叶螨进行了大量的研究:在形态学方面,主要以雌成螨的外部形态及雄螨生殖器形状为依据鉴别两种叶螨,但由于这些形态特征变异大、稳定性低,所以很难从形态学方面准确鉴别;在杂交试验方面,由于研究人员来自不同国家,采用的叶螨地理种群不同,导致各杂交结果不一致,因此学者对二斑叶螨和朱砂叶螨的分类地位仍各执己见;在分子标记方面,应用mtDNA、ITS和微卫星等分子标记技术对二斑叶螨和朱砂叶螨的进化关系做了初步研究,但通过分子标记技术仍然不能明确阐述这两种叶螨的分类进化关系。因此,形态学的证据、杂交实验的结果和分子标记技术的研究结果均不能对二斑叶螨和朱砂叶螨的分类地位给出很好的定论。  前人的研究结果暗示了二斑叶螨和朱砂叶螨的基因组水平没有差异,成螨体色上的显著差异可能源自转录水平的差异,即由表观遗传调控造成的。研究表明,基因组DNA甲基化在对昆虫表型的改变中可能起着非常重要的作用。本研究首先以二斑叶螨为材料,以DNA甲基化研究为切入点,采用荧光标记的甲基化敏感扩增多态性技术(F-MSAP,Fluorescence-labeledmethylation-sensitiveamplifiedpolymorphism)对二斑叶螨不同发育时期(卵、幼螨、若螨、成螨)的基因组DNA甲基化水平及模式进行检测分析,初步建立叶螨基因组DNA甲基化水平的检测体系,为进一步比较二斑叶螨和朱砂叶螨的基因组DNA甲基化水平,探索基因组DNA甲基化对叶螨生长发育的作用及与体色差异的相关性奠定基础。  本研究的主要内容以及取得的初步研究成果如下:  1、本研究共用了16对带有荧光标记的引物组合对中国福建二斑叶螨的基因组DNA进行扩增。这16对引物共扩增出4004个位点,每对引物能扩增出的位点数量大约在30-85个之间,大多数位点分布在100bp-500bp之间。研究结果显示三种甲基化模式:无甲基化(TypeⅠ),半甲基化(TypeⅡ),全甲基化(TypeⅢ)在四个不同发育时期均有出现,其中,TypeⅠ位点共有3363个,TypeⅡ位点共有410个,TypeⅢ位点共有231个。  2、扩增的总甲基化位点共有641个,其中半甲基化率(TypeⅡ)均高于全甲基化率(TypeⅢ),各个发育时期的平均总甲基化率(TypeⅡ+TypeⅢ)为16.01%,平均半甲基化率为10.24%,平均全甲基化率为5.77%。F-MSAP分析结果表明二斑叶螨不同发育时期的基因组DNA的甲基化水平和模式存在差异。  3、二斑叶螨四个不同发育时期(卵、幼螨、若螨、成螨)的总扩增位点甲基化率分别为18.74%,17.91%,14.70%,12.86%;半甲基化率(TypeⅡ)分别为11.31%,12.17%,9.29%,8.29%;全甲基化(TypeⅢ)率分别为7.43%,5.74%,5.41%,4.57%。各个发育时期二斑叶螨的胞嘧啶甲基化水平及各种甲基化模式所占比例不同,各个发育时期的半甲基化率均高于全甲基化率;二斑叶螨卵中总扩增位点甲基化率(TypeⅡ+TypeⅢ)最高(18.74%),成螨中最低(12.86%);幼螨中半甲基化率(TypeⅡ)最高(12.17%),成螨中最低(8.29%);卵中全甲基化率(TypeⅢ)最高(7.43%),成螨中最低(4.57%)。
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