悬钩子属(Rubus L.)属于蔷薇科(Rosaceae),是高度杂合的小浆果,以野生形态存在居多,由于其具有多样性,现对悬钩子属植物的研究与其他浆果相比较落后,对其研究多以形态描述为主,而关于遗传基础和遗传关系鲜有报道。因此,本研究采用SSR分子标记对130份野生悬钩子样品进行遗传多样性分析,探讨其亲缘关系和遗传差异,同时对检测PCR产物的三种电泳方式和两种染色方式进行了对比,以期为该属植物的系统演化提供依据,为悬钩子属种质的有效利用奠定基础。主要结果如下:1.使用12个样品从40对引物中筛选出15对扩增效果良好且通用性良好的引物,可用于红树莓(R.idaeus L)、黑树莓(R.occidentalis L)等栽培种和茅莓悬钩子(R.parvifolius L)、库页悬钩子(R.feddei L)、绿叶悬钩子(R.komarovi Nakai)等野生资源中进行SSR-PCR扩增,并为相关资源分子水平评价提供数据。2.对三种PCR检测方式以及两种染色方式进行了对比,聚丙烯酰胺凝胶电泳成本更低,但不适用于大批量、多批次的试验,相比较毛细管电泳的准确性更高。银染染色所需时间较EB染色时间长,EB染色的效率更高。3.使用筛选出的15对引物对130个样品全部扩增,共扩增出219条,引物扩增出的位点数在3~12之间,平均为12.17条,多态性比率为98.2%。所得到的平均等位基因数为1.6749个,平均Nei’s指数为0.4390,平均Shannon指数为0.5665。利用15对引物对130个样品全部扩增,每个样品扩增出的条带数在12~25条,15对引物可以鉴别这130个样品。4.对130个样品进行聚类分析,相似系数在0.79~0.97之间,当相似系数为0.815时,将所有样品分成了四类:第一类为红树莓栽培品种、蛟河野生资源、黄树莓、三个黑树莓品种以及库页悬钩子、蓬蘽悬钩子等野生品种。第二类为黑树莓、黑珍珠以及红树莓品种。第三类为采自沈阳的无刺红。第四类为Madawaska和willamette两个红树莓品种。最终将红树莓、黄树莓、黑树莓、野生样品分离。