高等教育管理体制改革已成为整个社会关注的热点问题之一。本论文立足市场化、网络化和全球化的外部环境变化，综合运用经济学、管理学和教育学的理论和方法，全面系统地分析了高校内部管理体制创新的历史脉络、战略构想以及教学科研和支撑保障体系等两大领域创新的具体模式，并对高校内部管理体制创新的绩效进行了分析和评价，最后从宏观的角度提出了高校内部管理体制创新的政策建议。 本研究以委托代理理论、科层理论、人力资本理论和竞争优势与核心能力理论等作为理论基础，通过对我国高校管理体制改革特别是内部管理体制改革的轨迹和经验教训的研究来构建新一轮体制创新的逻辑起点，并在此基础上提出了现代高校内部管理体制改革创新的内涵与方向以及我国高校内部管理体制改革应处理好的八大关系，主要包括管理与服务的关系、合理激励与有效竞争的关系、学术权力与行政权力的关系、教育与科研的关系、社会效益与经济效益的关系、规模效益与结构效益的关系、整体推进与重点突破的关系、外部环境与内部条件的关系。本研究着重考察高校内部管理的两大重点，即教学科研管理和支撑保障管理的体制创新问题。前者包括学分制与弹性学制、导师制与创新教育、专业教育与学科建设、高校人才培养职能与服务及引导社会职能等：后者包括校院系管理职能、人力资源管理创新和内部管理市场化问题。同时，在研究内部管理评估的基本理论、原则和方法的基础上，建立了综合性的评估指标体系。