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杂草稻经过长期的自然选择，拥有丰富的遗传资源，其适应性和抗逆性较强，如耐寒、耐盐碱、耐淹、抗旱、抗病虫等，为改变水稻生产恶性循环的局面，开发和利用杂草稻的遗传资源，丰富栽培稻品种的遗传基础是非常必要的。核rDNA的内转录间隔区（ITS）包含被5.8S rDNA所分隔的ITS1和ITS2两个片段，经PCR扩增后可以方便地对这两个片段进行直接测序或克隆测序。而ITS1和ITS2作为非编码区，受外界环境因素的影响较小，承受的选择压力较小，进化速度较快，核苷酸序列变化较大，且其变异以相互独立的点突变为主，是rDNA中的中度保守区，可为属下水平的研究提供较丰富的变异位点和信息位点的系统学信息。这样使得ITS序列十分适于进行各种分子操作，已成为最为广泛的应用于被子植物系统发育和进化研究的核基因标记之一。本实验通过对杂草稻nrDNA ITS序列扩增的退火温度，模板浓度，引物浓度，Taq酶浓度和dNTP的浓度等PCR反应条件的优化，找到一个最佳的反应条件。建立的最佳优化体系为：20μL的PCR反应体积，1μL模板DNA，1μL浓度为0.125mmol/L的dNTP混合液，1μL浓度为0.5mmol/L正向及反向引物，1UTaq DNA聚合酶（2.5U/μL），2.0μL的10×Taq酶配套缓冲液；退火温度为57℃。PCR反应程序：94℃预变性3min，94℃变性45s，57℃退火1min，72℃延伸1min，共35-38个循环；72℃最后延伸20min,4℃,∞。对杂草稻核rDNA ITS序列进行测序，本实验采用直接测序和克隆测序两种测序方法.ITS序列的直接测定大小为650bp左右,在NCBI网上进行BLASTN分析表明与已发表的栽培稻或野生稻等的ITS序列的同源性高达99%以上；而克隆测序的结果大小也为650bp左右。在NCBI网上进行BLASTN分析表明与直接测序的结果类似；比较两种测序方法，发现两种测序方法虽然各有优缺点，但是所测得序列片断与已发表的栽培稻或野生稻具有很高的同源性（达99%），说明这两种测序方法均能得到准确的ITS序列。这些序列信息的获得将从分子水平认识杂草稻分化的内在原因和物质基础，从而揭示其真正的发生机理。为在研究有效防治杂草稻的同时，保存、开发、利用和水稻新品种的培育它提供理论依据，并拓宽水稻育种的方向和保证栽培水稻地进一步改良和可持久生产。