随着知识经济及创新2.0时代的到来,产业和企业的技术竞争逐步向技术链上游移动,从市场阶段的专有技术竞争演变为共性技术的角逐。面对日趋复杂的消费需求和市场环境,合作研发已经成为企业技术创新的重要选择。目前,产业共性技术供给不足、供给效率偏低及政府作用模糊等问题仍然是制约我国产业共性技术发展的关键。本文在文献分析的基础上,提炼了共性技术的本质特征,充分考虑了知识投入在研发中的重要作用以及政府补贴行为对共性技术研发的影响;运用动态博弈理论,构建了包含技术溢出和知识流动的多阶段多主体技术创新Stackelberg主从博弈模型,通过逆向归纳法得到研发参与水平、努力水平、知识投入和补贴比例等决策变量的均衡,分析了主要参数对均衡的影响。通过对比分析,研究了是否考虑知识投入,是否采取合作等情况下,企业最优研发策略选择;分析了政府进行努力成本补贴和知识投入补贴两种补贴情形下,补贴政策对企业决策的作用机理。通过模拟仿真,对数学模型中的参数进行赋值,验证模型分析中所得到的结论,形象直观的反映变量间的数量关系和变化趋势。最后对企业和政府提出具有建设性和实用性的建议,为企业进行共性技术研发决策提供帮助,为政府支持企业技术创新提供理论依据。研究结果表明企业在制定共性技术合作研发策略时应充分考虑核心知识投入的影响,共性技术的外部溢出、投入知识的弹性、合作中相互知识技术的吸收学习等因素都会不同程度的影响企业最优研发参与水平,知识投入和努力水平决策。无论从企业自身利益最大还是研发效果最好的角度,采取合作研发模式都是较优的选择。不同形式的补贴作用原理不尽相同,政府应根据不同共性技术的特征、研发需求以及期望的激励效果综合考虑补贴方式。在政府提供研发知识投入补贴下盟主企业的最优研发参与水平最大,无政府补贴的情形下次之,政府提供研发努力成本补贴下最小。