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中国是梅花鹿饲养最早的国家,鹿资源种类十分丰富,但梅花鹿养殖过程中,错误的系谱记录非常普遍,基于梅花鹿基因组测序初步完成来开发微卫星引物,通过分子生物学的方法进行梅花鹿分子标记,为育种繁殖提供理论依据。1、根据梅花鹿基因组从头测序和100个梅花鹿个体重测序结果,采用MISA分析梅花鹿基因组中的SSR位点,选择4碱基重复单元的SSR位点,提取有InDels的SSR区间,用Primer3对筛选出的SSR位点批量设计引物,用设计的引物进行e-PCR,去除非特异性扩增,依据扩增片段在牛染色体中的位置,尽量使筛选的SSR标记覆盖所有染色体,避免位于染色体末端,最终选择100对引物在8个梅花鹿个体进行聚丙烯凝胶电泳,筛选得到31对微卫星引物并进行了多态性验证,其中PIC最小是0.572,一般PIC>0.5认为引物具有高度多态性,可以用于后续群体多样性分析和亲子鉴定。2、筛选得到31对微卫星引物在梅花鹿四个群体进行多态性分析,通过毛细管电泳进行基因分型,分析发现四个梅花鹿群体中共有434个等位基因,平均期望杂合度和观测杂合度分别为0.6180和0.5254,东大、四平、双阳和东丰的四个群体PIC依次是0.5804,0.5428,0.5715和0.5783,平均群体PIC为0.5683,说明梅花鹿群体遗传多样性丰富。通过分析得到群体间的遗传分歧在0.092(C vs D)到0.158(A vs D)之间,还用Nei’s遗传距离检测了群体间差异和群体内差异来诠释4个群体的遗传分歧和差异程度,结果表明群体间和群体内的遗传差异不大。3、选用31对微卫星对梅花鹿进行PCR扩增,通过峰图比较和cervus软件进行亲子鉴定分析,31对引物在三种模式下的累积排除率都在99.99%以上,每个位点的非父排除率平均值分别是0.6714、0.5134和0.3429,最终确定东大鹿场11对、双阳鹿场2对、四平鹿场4对、左家鹿场17对父子关系和左家鹿场5对母子关系。排除候选父本个体SY-46(SY-198)、SY-12(SY-46)、SY-98(SY-79)、SY-100(SY-507)、SY-307(SY-098、SY-598)和母本个体M48(Z018)。