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翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)隶属于鲈形目(Perciformes)、鳜亚科(Sinipercinae)、鳜属(Siniperca)，俗称桂鱼、桂花鱼、胖鳜、季花鱼等，是淡水底栖的肉食性鱼类。它具有体型大、生长快、味道鲜美等特点，是我国重要的名贵经济鱼类和养殖对象。但是，近年来由于江河过度捕捞、水域生态环境恶化及养殖生产中近亲繁殖等原因，导致自然种质资源衰退、养殖种质性状退化、鱼类疾病不断爆发等现状，已影响到翘嘴鳜种质延续及其养殖业的正常发展。迫切需要运用现代分子生物学手段开展翘嘴鳜种质资源保护及良种选育等方面的研究。为此，本研究采用转录组测序技术开发了与翘嘴鳜生长相关EST-SSR分子标记，分析了部分与经济性状相关的基因位点，检测了翘嘴鳜4个养殖群体（鄱阳湖、洞庭湖、太湖和长江口群体）的遗传结构和遗传多样性；克隆了翘嘴鳜MHC class I基因并进行了不同组织的表达分析，旨在为翘嘴鳜种质资源保护及良种选育提供理论基础，主要研究结果如下： 1基于翘嘴鳜转录组测序的EST-SSR标记开发、验证 1通过Illumina高通量测序平台对翘嘴鳜进行了转录组测序。组装和转录组拼接后共得到51245条unigenes，在35285个(68.86％) unigenes中共检测到14094个SSR位点，微卫星分布频率和密度分别是27.51%和184 per Mb。共有7335个位点被成功设计引物，其中生长、发育、增值和免疫功能二级分类条目引物共有1261对。随机选取100对引物进行多态性验证，得到多态性引物20对。 2选取筛选得到的13对多态性引物对翘嘴鳜4个养殖群体的各30尾个体进行基因扫描，共得到262个等位基因，等位基因数从2-3不等，平均等位基因数2.15，平均有效等位基因数1.80，平均观测杂合度0.52，平均期望杂合度0.43，平均多态信息含量0.34，达到中度多态水平（0.25洞庭湖群体>长江口群体>鄱阳湖群体。 3对翘嘴鳜4个群体间遗传相似度和遗传距离的检测结果表明，鄱阳湖和长江口群体之间遗传距离最大（0.1302），遗传相似性系数最小（0.8757），说明两者亲缘关系较远；鄱阳湖和洞庭湖群体遗传距离最小（0.0562），遗传相似性系数最大（0.9453），说明两者亲缘关系较近。采用UPGMA法构建系统进化树表明，洞庭湖和鄱阳湖群体先聚为一支，然后与太湖群体聚合，最后与长江口群体聚合。 2基于EST-SSR标记的翘嘴鳜生长性状相关分析 采用翘嘴鳜转录组测序开发的13对多态性EST-SSR引物，对60尾翘嘴鳜的体长、体高、体厚及体重4种生长性状进行标记-性状相关性研究，结果表明：13个微卫星位点中有5个位点与翘嘴鳜生长性状显著相关，C10127位点与体长显著相关（P<0.05），与体厚极显著相关（P<0.01），AA型是体长、体厚的优势基因型，AC型是劣势基因型；C19016位点与体重显著相关（P<0.05），AB型是体长的优势基因型；C14847位点与体长极显著相关（P<0.01），与体高、体厚、体重显著相关（P<0.05），BB型是体厚的优势基因型； C12350位点与体长极显著相关（P<0.01），与体重显著相关（P<0.05），BC型是体长，体高、体厚和体重4种性状的优势基因型，而AC和CC是体长的劣势基因型； C18691位点与体高显著相关（P<0.05），与体厚、体重极显著相关（P<0.01），BB型为4种生长性状的优势基因型，AA型为劣势基因型。 3翘嘴鳜MHC class I基因的克隆及表达分析 1根据转录组测序获得的部分翘嘴鳜MHC class I cDNA片段设计引物，对其5’端和3’端分别进行RACE克隆，获得翘嘴鳜MHC class I基因cDNA全长1925bp，包含74bp的5’非编码区（5’-UTR）、1071bp的开放阅读框，预测编码356个氨基酸、780bp的3’非编码区（3’-UTR），3’-UTR具有明显的终止密码子TAA、多聚腺苷酸加尾信号（AATAAA）和PolyA尾巴。翘嘴鳜MHC class I基因编码的蛋白属于跨膜蛋白，存在分泌信号肽结构。将所得MHC class I基因所对应氨基酸与几种鱼和人类MHC class I分子利用DNAMAN和MEGA软件分别进行比对和绘制分子进化树，经ClustalW2进行同源性分析，发现与细条石颌鲷（Lithognathus mormyrus）、金头鲷（Sparus aurata）、红笛鲷（Lutjanus sanguineus）、狼鲈（Dicentrarchus labrax）等的相似度达到了87%以上。 2采用RT-PCR荧光定量的方法，检测了MHC class I基因在翘嘴鳜心、肝、脾、肺、肾、鳃、脑、肠、肌肉组织中的表达情况。结果显示，MHC class I基因在翘嘴鳜各种组织均有不同程度的表达，其中，MHC class I基因在肝脏和肠道中表达量较高，在鳃、肌肉、胃、脑、脾和心中表达量较低，在肾中微量表达。