基因整合是指外来的DNA分子插入到宿主基因组中的基因突变事件,包括转座子、逆转录病毒、逆转录基因治疗载体等在自然或人工过程中的整合行为。基因整合组从全基因组水平分析整合事件,是病毒致癌机制研究,癌基因整合突变筛选和基因治疗载体开发等研究领域重要的遗传学分析手段。目前,基因整合位点主要通过PCR方法分离并经测序鉴定。第二代测序技术的出现简化了整合位点分析的过程。反向PCR,接头PCR,线性扩增PCR等各种翼侧序列扩增技术与高通量的454测序技术结合,为相关领域的研究积累了大量宝贵的整合信息。为了获取更全面的基因整合信息,更新的方法应该达到基因整合组分析的要求。虽然,最新的非限制性线性扩增PCR和Mu噬菌体介导PCR具有分析全基因组整合位点的潜能,但是两者都存在一定的技术难度。本论文开发的大规模锚定平行测序(massive anchored parallel sequencing, MAPS)能够从全基因组水平分离和鉴定整合序列。MAPS利用机械能将DNA片段化,从而避免了酶切引起的整合位点分离偏好并为后期整合位点的识别增加置信。本法改造Illumina的测序接头使之介导整合序列的分离和扩增,并由此结合Illumina双端测序技术用以高通量鉴定整合位点。以乙肝阳性的肝癌组织DNA样品为例,单次多元化测序分析成功地在6对(癌和癌旁)组织样品中鉴定了68个整合位点,而且结果定量地反映了各个整合位点的克隆频率。最后,本文也分析了非限制性和半定量的MAPS方法具有很强的拓展性和移植性。