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口蹄疫病毒衣壳蛋白中的抗原表位是构建高免疫原性亚单位基因工程疫苗的基础。但是亚洲Ⅰ型口蹄疫病毒衣壳蛋白中抗原表位至今了解甚少。为此，以YNBS/58毒株为基础，筛选VP1、VP2、VP3、VP4蛋白中可能含有的抗原表位。根据GenBank中查得亚洲Ⅰ型口蹄疫病毒YNBS/1958毒株VP2、VP3、VP4基因序列，VP1依据本实验室测定的序列。采用PCR方法将外壳蛋白基因序列扩增成30个片段。每个片段长约87-126bp，各片段之间重叠约30bp左右。将不同片段克隆到pWR590质粒的β半乳糖苷酶基因3’端，构建原核表达质粒，转化大肠杆菌，表达融合蛋白。采用western blotting方法检测筛选，发现含有有4个抗原表位肽段，分别为：VP1蛋白中133-163位氨基酸，VP2蛋白中1-33位氨基酸，VP3蛋白中1-34位氨基酸，VP4蛋白中1-35位氨基酸。
将筛选到的Asial型FMDV衣壳蛋白四个含有抗原表位融合蛋白分别免疫豚鼠，均能引起豚鼠T细胞应答，说明这四个含有抗原表位肽段具有T细胞刺激功能，但只有VP1中133-163位氨基酸能够诱导中和抗体产生。把上章所述VP2(1-33)，VP3(1-34)，VP4(1-35)融合蛋白各种组合与VP1(133-163)混合后免疫豚鼠，发现VP2(1-33)能够刺激豚鼠针对VP1(133-163)中和抗体应答，中和抗体效价提高3-5倍；VP3(1-34)或VP4(1-35)融合蛋白单独与VP1(133-163)混合免疫豚鼠不影响中和抗体效价，而VP3(1-34)、VP4(1-35)混合在一起却显著的抑制了中和抗体产生。