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青藏高原极端的高原条件（高寒、缺氧等），复杂而丰富的地理地质（高原隆升等）和气候变化的古环境背景等，庇护了较多的特有物种，孕育了敏感、脆弱而多样的生态系统。青藏高原是世界生物多样性热点地区之一，然而随着环境变迁和人类活动干扰等，青藏高原生态系统失衡、生物资源生存状况受到严重威胁。分析和探讨环境变迁和扰动对高原生物的影响，揭示种群遗传分化及其历程和影响因素等，制定其保护管理对策，对该区域的生物多样性保护具有重要的现实指导意义。本研究针对青藏高原东缘生物多样性减少、湿地丧失和草地退化荒漠化加剧等一系列生态与环境问题，以草地生态系统管理中鼠害防控和湿地生态系统中裂腹鱼类保护利用等影响生态系统的因素方式入手，选择鼢鼠类和裂腹鱼类，应用它们种群数量管理特征、有限的迁移能力和高原典型土著特性等为种群遗传学、分子系统地理学和分子生态学研究中的模型依据，进行了鼢鼠类分子标记开发及两类土著动物种群遗传结构与管理对策研究。主要结果如下：1.甘肃鼢鼠（Eospalax cansus）微卫星丰度、特征分析及其开发甘肃鼢鼠微卫星序列中，以二碱基重复单元含量最多，占总数的60.6%，最主要的优势重复序列是AC/GT；其次为四碱基、三碱基、单碱基和五碱基重复类型等。56对微卫星位点中，11对在甘肃鼢鼠种群中具有多态性，其中9对引物在高原鼢鼠（E. baileyi）中通用，6对片段大小一致且存有多态，而Ectl31位点只在高原鼢鼠中呈多态，为高原鼢鼠特异性标记。2.甘肃鼢鼠遗传结构分析及控制管理对策甘肃鼢鼠具有中等水平的遗传多样性（h=0.58），较低的核苷酸多样性（π=0.0031），分子方差分析（AMOVA）显示种群间存有显著的遗传分化（Fst=0.5393, P=0.00），歧点分布和中性检测显示甘肃鼢鼠经历了种群扩张。10个微卫星位点上甘肃鼢鼠3个种群共检测出43个等位基因，平均观测杂合度为0.443，平均期望杂合度为0.523，平均多态信息含量为0.452，相邻种群之间稀有等位基因、等位基因频率存有差异，特定的遗传结构和较小的地理距离相关。种群之间的基因流为8.24，进一步深入分析生活史特征（如迁移扩散、婚配制度等）等所带来的甘肃鼢鼠种群遗传多样性和遗传分化规律，对认识甘肃鼢鼠的适应性进化机制等有重要意义。未来亟需在模拟和分析农牧业生产系统不稳定性因素的情况下，剖析甘肃鼢鼠种群间遗传分化及其在环境变化下采取的适应性进化机制，揭示变异发生规律及其机理，为鼠情监测的指导以及综合管理策略的制定提供理论依据。3.三种裂腹鱼类种群遗传结构分析及保护管理对策极边扁咽齿鱼（Platypharodon extremus）种群遗传结构及种群历史分析黄河上游的极边扁咽齿鱼5个地理种群（玛曲3个种群，新兴湖和鄂陵湖各1个种群）平均单倍型多样性为0.997，平均核苷酸多样性为0.0088。5个种群较低的核苷酸多样性表明种群受到了严重的瓶颈效应。AMOVA分析显示，种群间总遗传分化系数为－0.0080（P=0.733），尚未有显著的遗传分化。系统发生树显示5个种群的单倍型混合分布，歧点分布和Fu’ Fs中性检测显示极边扁咽齿鱼经历了种群扩张（0.26至0.36百万年前（Million years ago, Ma））。扩散、瓶颈和扩张共同构成了极边扁咽齿鱼的种群历史。厚唇裸重唇鱼（Gymnodiptychus pachycheilus）种群遗传结构及种群历史分析厚唇裸重唇鱼3个地理种群（玛曲、玛多和尖扎共3个种群）总的单倍型多样性为0.957，核苷酸多样性为0.0020。AMOVA分析表明，种群间总遗传分化系数为0.1934（P=0.00），种群间有显著的遗传分化。系统发育分析发现了两个显著的支系（Fst=0.2685（P=0.00）），而不同的单倍型在玛曲段混合分布，推测有二次接触现象，暗含了隐存种（cryptic species）的可能。歧点分布和中性检测均推测了经历的种群扩张，但两个支系的扩张时间不同（0.096Ma和0.15Ma）。经分子钟假说计算出两个演化支系的分化时间在1.45Ma前。有必要进一步对其分类地位进行厘定，后续的增殖放流管理中更应重视该情况。黄河裸裂尻（Schizopygopsis pylzovi）种群遗传结构及种群历史分析黄河裸裂尻5个地理种群（青海柴达木、大通、贵德、玛多种群，和甘肃玛曲种群）平均单倍型多样性为0.992，核苷酸多样性为0.0153。AMOVA分析表明，5个种群间总遗传分化系数为0.0122（P=0.02），种群间尚未有显著的遗传分化。歧点分布和Fu’ Fs中性检测出种群扩张。系统发生树显示部分种群的单倍型混合分布，玛曲种群的系统树和单倍型网络图均形成了1个较明显的单倍型组，揭示玛曲种群应作为管理单元（MU）重点管理。本研究首次开发了鼢鼠亚科动物的微卫星分子标记，阐释了甘肃鼢鼠以及三个裂腹鱼类物种各种群的遗传多样性、遗传分化、种群历史动态和基因交流等；明确了各种群单倍型（组）的地理分布模式及其系统发育关系，追溯了进化历程。为两类土著动物物种保护策略与管理措施的制定，以及长期监测及生态学效应评价等提供了宝贵的遗传学资料。