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禽流感病毒(Avian Influenza Virus,AIV)是由A型流感病毒引发的禽类传染疾病,根据病毒颗粒表面的血凝素(Haemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(Neuraminidase,NA)来区分不同的亚型;根据致病力的强弱也可分为高致病性和低致病性。自2003年12月,H5N1亚型禽流感病毒疫情在香港爆发开始,禽流感病毒对我国家禽养殖业的威胁日益增加,并给我国人民的健康造成了极大威胁。2014年我们在对四川省和江西省活禽市场的禽流感病毒流行病毒调查中,共分离到11株H5N6禽流感病毒,其中家禽饮水来源1株、鸽源1株、鸡源3株、鸭源6株。我们对这11株H5N6禽流感病毒进行全基因组测序,并绘制系统进化树,分析其分子特征。结果显示这11株病毒的HA基因属于clade2.3.4,该病毒为H5N1和H6N6两种亚型重组而来,并且四川来源和江西来源的病毒在进化上形成了两个不同的分支。同时,四川活禽市场分离到的H5N6亚型禽流感病毒与人源H5N6亚型禽流感病毒具有很高的同源性(达到99%以上)。其HA蛋白出现160位苏氨酸(T)到丙氨酸(A)的突变、NA蛋白茎部出现11个氨基酸的缺失,这都有可能使得病毒变得更易结合人源受体并增强病毒自身的对哺乳动物的毒力。经过这次H5N6感染人事件的发生,再次提醒人们H5亚型禽流感病毒的潜在威胁,也说明长期对活禽市场进行禽流感流行病学监测的重要性。本研究以一株 H10N8 亚型禽流感病毒(A/water/Dongting Lake/Hunan/3-9/2007(H10 N8))的鼠肺适应病毒株P0、P4、P2和P6(Passage,P)为研究对象,该病毒在鼠肺传代过程中表现出对小鼠的致死性增加的现象。利用高通量测序(Illumina)对鼠肺传代病毒的原代(P0),2代(P2),4代(P4),6代(P6)进行测序,希望能了解病毒适应小鼠过程中的基因组变化过程。高通量测序共获得clean reads 1784920条(P0),1726484条(P2),1931171条(P4),2484253 条(P6)。有效 Influenza reads 占 clean reads 的 82.33%,3730 测序结果与高通量高度一致。对高通量数据进行分析,结果可见在流感病毒基因组关键氨基酸位点的变化与小鼠死亡率上升呈直接相关关系,尤其在PB2基因的627位谷氨酸(E)到赖氨酸(K)的突变使得P4代病毒对小鼠的致病性增加(在多个器官检测到病毒),并且在之前的P0,P2代的相同位点上熵值都呈现出了相应的攀升。同样,其他位点如PA基因的653的亮氨酸(L)到脯氨酸(P),277的苯丙氨酸(F)到丝氨酸(S)氨基酸的逐步变化,解释了 H10N8禽流感病毒逐步适应小鼠的过程。本研究结果对人们理解病毒进化中如何适应宿主并增强毒力的机制提供了重要的参考依据。