牦牛（Bos grunniens）是青藏高原地区重要的畜种,但具有繁殖率低,季节性繁殖的特点。松果体在动物季节性繁殖调控中起着关键作用,但是有关牦牛松果体转录组与mi RNAs的研究未见报道。因此,本研究旨在利用RNA-seq技术比较研究牦牛在卵泡期与黄体期松果体组织转录组和小RNA,为研究松果体对牦牛繁殖的分子调控机制奠定理论基础。1.转录组测序分析利用Hi Seq 2500技术对构建的牦牛卵泡期和黄体期松果体文库进行测序分析,结果显示:（1）以│log₂Fold change│≥1.0且错误发现率（FDR）≤0.01为筛选标准筛选差异表达基因（Differentially expressed gene,DEG）筛选到618个DEGs,其中在卵泡期松果体中有271个上调DEGs,347个下调DEGs。（2）DEGs的GO功能富集在分子功能（MF）、细胞组分（CC）和生物过程（BP）三大功能类的50条二级条目。（3）Pathway富集最多的是细胞粘附分子（Cell adhesion molecules）、Pl3K-Akt信号通路、神经活性配体-受体相互作用等通路。2.小RNA测序分析利用Hi Seq 2500技术对构建的牦牛卵泡期和黄体期松果体小RNA文库进行测序分析,结果显示:（1）卵泡期共检测到465个已知mi RNAs、56个新mi RNAs和79个新pi RNAs;黄体期共检测出486个已知mi RNAs、80个新mi RNA和122个新pi RNA。（2）牦牛卵泡期和黄体期松果体之间筛选出589个差异表达mi RNAs,其中在卵泡期松果体有27个显著上调表达的mi RNAs,72个显著下调的mi RNAs。（3）差异表达mi RNA的靶基因GO功能主要富集在生物学过程包括生物调节、代谢过程、单一生物过程、调节生物过程等。综上所述,本研究首次利用RNA-seq技术比较研究了牦牛卵泡期与黄体期松果体组织的转录组和mi RNAs差异,为探讨松果体对牦牛繁殖的分子调控机制奠定了理论基础。