MicroRNA (miRNA)是一类长度在20到24个碱基之间的内源性非编码小RNA分子,来源于能形成茎环二级结构的单链RNA前体序列,并且广泛存在于动物、植物,甚至病毒中。MiRNA通过与其靶基因的特定位点进行互补配对结合,诱导该靶基因的降解或者抑制靶基因的翻译,从而达到调控基因表达的目的。植物中niRNA的研究开始于2002年,且越来越多的证据表明它们在植物激素平衡、应激反应和各种发育过程(包括种子发育、分生组织和侧生器官发育、根的发育、花器官的发育和性别决定以及果实发育等)中发挥着重要的调控作用。椰枣既是阿拉伯半岛的社会文化象征,又是热带和亚热带地区重要的经济作物。近几年,随着新一代高通量测序技术的发展,椰枣基因组学和转录组学研究取得了很大的进展。椰枣高覆盖度基因组序列的发表为包括miRNA鉴定在内的多方面的全基因组研究提供了基础,而椰枣果实发育和成熟过程中不同时期的转录组图谱研究则为miRNA及其靶基因表达之问的相关性分析提供了直接的数据支持。在本研究中,我们利用生物信息学预测和高通量测序相结合的方法在全基因组水平上鉴定了椰枣miRNA,并分析了它们在果实发育过程中的表达图谱和调控作用。首先,我们利用已知植物miRNA序列的高度保守性,以椰枣基因组为参考序列,在全基因组水平上鉴定了238个非冗余的保守miRNA.然后,通过对六个不同发育时期椰枣果实样本构建的小RNA文库进行测序,我们不仅检测到78个保守miRNA在椰枣果实发育过程中表达,同时又鉴定了276个新的椰枣特异的果实发育相关miRNA,并利用茎环引物反转录实时定量PCR对部分miRNA的表达进行了验证。接下来,通过miRNA靶基因的预测及功能分析,表明这些果实发育相关miRNA可能参与调控碳代谢、淀粉和蔗糖代谢、果糖和甘露糖代谢、糖酵解以及三羧酸循环等代谢通路。更进一步,通过miRNA与其靶基因表达之间的相关性分析,我们检测到221个果实发育相关miRNA与其靶基因之间存在着明显的负相关性,表明它们可能在椰枣果实发育过程中发挥着直接的调控作用。更为特别的是,其中一些：miRNA的靶基因与淀粉和蔗糖代谢以及果实的发育和成熟有着非常密切的相关性,表明这些miRNA可能在调节椰枣果实糖分的积累和发育中发挥着重要的作用。总的来说,我们的研究全面揭示了椰枣miRNA在全基因组水平上的分布特点以及miRNA在果实发育和成熟过程中表达图谱的变化,为将来进一步利用分子生物学实验方法去证实这些miRNA在椰枣果实发育过程中具体的调控功能和作用机制提供了研究基础和数据支持。