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以玉米杂交种掖单13号的亲本自交系掖478和丹340为亲本构建的500个F<,2>个体为作图群体，构建玉米SSR遗传连锁图谱。利用相应的397个F<,2：3>家系进行QTL定位。田间采用Alpha-Lattice设计，在北京、沈阳、郑州、新疆四点分别进行表型数据采集。测定的项目包括：产量、穗长、穗粗、穗行数、行粒数、百粒重等6个产量性状。利用复合区间作图法对这6个性状进行QTL定位，并分析基因的效应值和基因的作用方式，初步探讨杂种优势的遗传基础。主要结果如下：
1．对467对SSR引物进行亲本多态性筛选，得到有多态性的引物226对。其中差异明显，带型清晰，适合作图的引物有137对。对偏分离情况进行卡方检验，有42个标记表现为显著偏分离，占30.43％，19个标记表现为极显著偏分离，占13.77％。
2．利用137个SSR标记，构建138个标记位点的SSR标记的玉米遗传连锁图谱。覆盖玉米全基因组1394.7cM，标记的平均间距为10.90cM，最大间距55.2cM。
3．在上述6个性状中共检测到66个QTLs。其中控制穗粗的QTLs10个，行数的QTLs11个，穗长的QTLs16个，行粒数的QTLs11个，百粒重的QTLs6个及产量的QTLs12个。每个性状检测出6-16个QTLs，单个QTL的作用可解释表型变异的3.08％-16.47％，每个性状的QTLs可解释表型变异的20.00％-41．36％，其中共检测到6个主效OTLS。
4．10个连锁群均检测到QTL。第1、2连锁群为QTL分布的热点连锁群，皆检测到15个OTLs,占22.73％；第4、7染色体检测到的QTL最少，皆为2个，占3.03％。
5．检测到QTL的标记区域中，作用于三个性状的区域有6个；作用于四个性状的区域有2个，它们是第1染色体的phi308707～phi227562(GY、EL、ED、RN)；第2染色体的bnlg108～phi092a，(GY、EL、GN、RN)。
6．在所检测到的QTLs中，表现为加性效应的有12个，占18.1896；部分显性的有25个，占37.88％；显性效应的有8个，占12.12％：超显性的有21个，占31.82％。说明部分显性及超显性在杂种优势的遗传基础中起主要作用。