随着改革开放的深入和我国社会的快速发展，社会组织获得良好的发展机遇，不断的发展成熟，在公共服务领域发挥着越来越重要的作用。然而，同为公共产品与服务的提供者，政府与社会组织的关系并没有理顺，社会资源也没有在二者之间得到充分合理的配置。因此，通过重新梳理政府与社会组织的关系，并形成在合作基础上的良性互动成为各界的共识。本文综合运用了社会学、西方经济学以及公共管理学中相关理论与观点，从合作博弈的视角分析了政府与社会组织的互动关系。政府与社会组织都是公共产品与服务的提供着，有着共同的价值追求，因此存在合作基础。但是二者分别代表全社会的整体利益和局部利益，因此也会存在相互竞争的地方。合作博弈则是试图通过建立对双方有约束的制度，避免个体理性导致的整体不理性，最终实现共赢。针对我国现状，重点分析了我国政府在与社会组织的合作中，在权责分配，资金分配以及人力资源的分配上存在的不合理性现象，不符合公共产出最大化原则。紧接着，重点运用博弈论中的经典模型，以逐渐引入变量的方式，分析了政府和社会组织的博弈策略选择，最终形成最优策略。并进一步指出，政府与社会组织的合作是一个动态的过程，不存在绝对合适的最优解，双方的合作是一个不断寻求均衡的过程。对政府与社会组织的合作，在合作促成机制上进行探索，通过建立信息公开与共享机制，利益分享机制，实现社会资源在二者之间的合理流动，确保联盟的稳定，通过监督机制的激励机制的建立，防范可能存在的违约风险，减少带来的损失，并通过二者之间的正激励实现合作关系的向更深层次发展。最后提出了构建二者合作关系的具体建议。政府与社会组织的合作，要在保证相互的独立性的基础上，完善合作机制，实现优势互补，并不断寻求政府与社会组织合作之间的均衡。在我国当前的社会转型时期，建立政府与社会组织之间的良性互动关系，使二者的职能作用互补，对公共物品的供给、政府职能的转变、政府权力的制约、社会组织自身的发展以及和谐社会的构建都有重大的促进作用。