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分别于2012年7月和2012年12月对南四湖浮游动物的群落结构进行了两个季度的调查，分析了南四湖浮游动物的物种数、优势种、现存量以及多样性的时空变化；同时对南四湖浮游动物密度，生物量以及多样性指数H’与环境因子进行了逐步回归分析。主要结果如下：1、南四湖两季度共记录浮游动物163种，其中原生动物65种，轮虫78种，枝角类17种，桡足类3种。四大湖区中微山湖种类最多，独山湖种类最少；夏冬两季相比，夏季种类更为丰富。2、南四湖共记录到优势种9种（优势度≥0.02），绝大多数种类为轮虫。优势度最大的为针簇多肢轮虫，优势度最小的为长三肢轮虫。四大湖区共同优势种为针簇多肢轮虫和角突臂尾轮虫；南四湖夏季出现优势种10种，冬季3种，两季度的共有优势种为针簇多肢轮虫。3、南四湖全湖浮游动物的平均密度为2192ind/L，其中原生动物的平均密度为470ind/L，轮虫的平均密度为1648ind/L，枝角类的平均密度为2ind/L，桡足类的平均密度为4ind/L；南四湖全湖的平均生物量为2.27mg/L，其中原生动物的平均生物量为0.02mg/L，轮虫的平均生物量为1.98mg/L，枝角类的平均生物量为0.04mg/L，桡足类的平均生物量为0.03mg/L。南四湖四大湖区浮游动物平均密度与平均生物量相比都为：南阳湖＞独山湖＞微山湖＞昭阳湖；南四湖浮游动物夏季的平均密度和生物量要明显的高于冬季。4、南四湖全湖浮游动物丰富度指数（D）为3.52、Shannon-Wiener指数(H)为3.96、均匀度指数（J）为0.57；四大湖区多样性指数差异不大，夏季湖区三个多样性指数的平均值均要高于冬季。5、对影响浮游动物密度、浮游动物生物量及浮游动物多样性指数H’的所有可能的环境因子（包括理化指标及重金属含量）进行逐步回归分析。结果表明，总氮含量以及Zn和Cd的含量与浮游动物密度存在极显著性相关；总氮含量、水温、Cu和Cd的含量与浮游动物生物量存在极显著性相关；pH、电导率以及浮游植物密度与浮游动物多样性指数H’存在极显著性相关。重金属含量与浮游动物多样性指数H’无显著相关性；浮游动物密度与浮游植物密度（p=0.581>0.05）及浮游植物生物量（p=0.544>0.05）均无显著相关性；浮游动物生物量与浮游植物密度（p=0.495>0.05）及浮游植物生物量（p=0.128>0.05）也无显著相关性；浮游动物多样性指数H’与浮游植物生物量也无显著相关性（p=0.816>0.05）。