背景与目的:结核病是由结核杆菌感染引起的慢性传染性疾病。世界卫生组织2016年全球结核病报告显示,2015年全球新发结核病例1040万,140万人因结核病死亡。中国是结核病高负担国家,病例数仅次于印度和印度尼西亚,位居第三。我国结核病疫情存在高感染率、高患病率、高耐药率、高复发率、低发现率的特点。传统的流行病学研究方法在确认结核病传染源及传播规律方面往往存在局限性,而分子流行病学的发展则为结核病研究提供了有力武器,能够有效追踪传染源、发现结核杆菌传播规律、识别重点人群,为结核病防治工作提供科学依据。本次研究运用分子流行病学方法对连云港市传染性肺结核病人临床分离株进行基因分型,探讨其遗传多样性、菌株成簇性及其与临床特征等因素的关联性,分析成簇菌株的地理位置分布及系统进化特点,为连云港市结核病防治提供科学依据。方法:本研究选择江苏省连云港市为研究现场,以2013～2014年新诊断的痰培养阳性结核病患者为研究对象,收集人口学特征、临床资料、诊治经过等信息。本次研究包括两个部分。第一部分采用数目可变串联重复序列-结核杆菌散在重复单位(variable number tandem repeats-mycobacterial interspersed repetitive units,VNTR-MIRU)15位点组合方法对结核杆菌临床分离株进行分子分型,探讨其遗传多样性和特异指纹图谱,分析连云港市结核病传播规律及与临床特征的关联。VNTR-MIRU位点组合对菌株分辨力的判断采用Hunter-Gaston指数(Hunter-Gaston discriminatory index,HGDI)表示。第二部分在结核杆菌分子分型的基础上,采用R语言pheatmap软件包对数字化分型结果进行聚类分析,运用BioNumerics7.0软件构建最小生成树,开展成簇性分析,并探讨菌株成簇性影响因素。成簇风险分析采用Logistic回归模型,并用比值比(OR)及其95%可信区间(CI)表示。结果:(1)对742株菌株采用15位点VNTR-MIRU基因分型,结果显示,总分辨力HGDI值为0.99998,其中遗传多样性最高的是Qub11b位点,h=0.763,遗传多样性最小的位点为ETRC,h=0.037。(2)成簇性分析发现菌株共聚成643个类,其中未成簇而形成的"唯一"类的共597个,145例成簇菌株形成46个簇,成簇比例为19.54%。成簇菌株中形成较大簇(所含菌株例数≥5例)的菌株比例为35.17%。将较大簇菌株病例的居住位置在地图上标注后,呈现一定的地区聚集性,南北部均有特定基因型菌株聚集,大部分成簇菌株沿主干交通线分布。(3)菌株成簇性影响因素分析发现,职业、治疗结局等与菌株成簇性的关联具有统计学意义,非农民职业的患者感染株表现出更高的成簇风险(调整OR=2.35,95%CI:1.33-4.15,P=0.003),不良治疗结局的患者表现出较高的成簇风险(调整 OR=1.85,95%CI:1.00-3.45,P=0.050)。(4)对连云港市结核杆菌流行株构建最小生成树分析并未发现特定的聚集性现象,结论:(1)连云港市结核杆菌流行株呈现较高的遗传多样性,成簇比例与附近县市相近,与距离较远的其他地区存在差异。患者中近期传播比例较低,提示复燃及既往感染不容忽视。(2)空间分析显示成较大簇的病例呈现相对集中的特点,提示该类菌株存在小范围流行。成较大簇患者有沿交通干线分布的特点,提示需加强人口密集区和流动人口较多地区的结核病防制工作。(3)职业、治疗结局与菌株成簇性的关联具有统计学意义。