目的:建立一种高效的鹿茸药材基因组DNA提取方法并基于COⅠ序列建立一种新的鹿茸PCR鉴定方法,以快速鉴别出梅花鹿、马鹿与驯鹿茸;优化鹿茸蛋白提取最佳工艺并进行花鹿茸与马鹿茸的蛋白组学研究。方法:参考2015版《中华人民共和国药典》考察4种鹿茸基因组DNA提取方法;通过比较COⅠ基因序列差异,根据SNP鉴别位点设计梅花鹿茸、马鹿茸同驯鹿茸的鉴别引物,并考察PCR反应条件;采用响应曲面设计方法寻找最佳的鹿茸蛋白超声提取工艺;通过搜索Uniprot数据库对花鹿茸及马鹿茸蛋白进行蛋白质组学分析,并通过生物信息学软件鉴定差异表达蛋白。结果:使用天根试剂盒,鹿茸粉70 mg、水浴温度55℃,水浴时间6 h时鹿茸基因组DNA提取效果最佳;本研究开发的COⅠ基因序列上双位点特异性PCR鉴别体系,最终可以在294 bp处检视到梅花鹿、马鹿特异电泳条带,而在514 bp处检视出驯鹿特异条带,其他伪品及阴性对照无条带;优化超声破碎法提取鹿茸蛋白条件:pH值7.6,超声时间24 min,液料比18:1(mL/g),裂解时间60 min,使提取率达到3.82%;经过蛋白质组学研究发现36种蛋白质在马鹿茸中高表达,144种蛋白在花鹿茸中高表达,GO及KEGG分析表明差异表达蛋白质参与了几种途径的调控,包括PI3K-Akt信号通路、组织产热、氧化磷酸化等。结论:本研究优化的天根试剂盒提取鹿茸DNA方法操作简便,提取DNA浓度、质量优良;所建立的双位点PCR鉴别梅花鹿、马鹿及驯鹿等其他伪品鹿茸的方法简单、结果准确;优化出的超声提取鹿茸蛋白方法稳定有效,为后续蛋白质组学研究打下了基础。蛋白组学研究揭示了花鹿茸与马鹿茸在细胞成分,生物代谢过程,分子功能与通路层面上体现出的蛋白质差异化表达。