设施栽培中长期过量施肥严重减少了土壤有益微生物的种类和数量。在诸多功能微生物中,丛枝菌根(Arbuscular mycorrhizae, AM)真菌已被认定可以改善土壤质量,提高作物产量等。本文以我国北方设施番茄连作土壤为研究对象,研究不同水平化学氮素投入以及适量的有机肥投入对土壤理化性质的改变、AM真菌侵染潜力(Modiffed mean infection percentage, MIP)及根际AM真菌分子多样性的影响；另外盆栽条件下,研究接种AM真菌对连作设施番茄菜地土种植番茄的改善情况。研究结果表明：与不施肥对照相比,施肥显著降低了AM真菌的侵染潜力,但施肥类型和水平对MIP影响不显著。通过对设施菜地0-60cm土壤中的AM真菌进行T-RFLP及克隆测序分析,共检测到6种不同类型的AM真菌,分属于Glomeraceae, Diversisporaeae, Acaulosporaceae;其中Funneliformis mosseae和Rhizophagus intraradices是农田中的两种AM真菌优势种。分析不同施肥处理土壤中的AM真菌群落发现,0-30cm土层和30-60cm土层间AM真菌群落组成和结构均有明显差异,表明AM真菌在设施菜地土壤中的分布具有空间异质性。分析土壤条件对AM真菌群落的影响,发现土壤pH,有机质,速效磷和总氮显著影响了AM真菌的群落组成和结构,且不同土层AM真菌群落受影响的因素不同。AM真菌的丰富度则主要受土壤pH, ec和有机质的影响。盆栽番茄接种AM真菌使番茄果实生物量显著增加。