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水稻是重要的粮食作物之一。本研究以骨干系93-11为受体亲本,以广陆矮4号为基因供体,构建了染色体片段代换系(Chromosome Segment Substitution Lines,CSSL)。在鉴定染色体代换系过程中建立了KASP标记体系,鉴定出RD11、RD12、RD13等染色体片段代换系。在品种改良中建立了种质鉴定、亲本塑造、杂交种配组为基础的分子育种程序。主要结果如下:以93-11为受体,广陆矮4号为基因供体,杂交一次、回交3代、自交1代,构建了染色体片段代换系。该染色体片段代换系群体(CP1群体)包括82个染色体片段代换系。1.以3000个水稻品种的重测序数据库和6K基因芯片探针序列信息为基础,设计了600个KASP引物,其中,以363个引物对51个水稻品种(包括染色体片段代换系)进行了KASP检测,可用于染色体片段代换系鉴定。2.图示基因型表明,51个材料(包括染色体片段代换系)可以显示育性基因(Rf-1、Rf-3、Rf-4)基因模块,显示了基因遗传具有分子模块的特征,“部件组装成机器”式的分子模块育种是可行的。3.363个SNP标记检测表明,CSSL14、CSSL32、CSSL53互为染色体片段代换系,此染色体片段代换后,株高、穗型发生显著变化。4.KASP标记检测发现,363个SNP标记具有高效、低成本、多态性高的特点,51个材料的363个分子标记基因型与基因构型信息构成了一个“分子育种数据库”,可用于“优化设计育种”。5.93-11(扬稻6号,2001年审定品种)与广陆矮4号在第11染色体上的多态性为0.417,符合作为作图群体、定位群体和效应群体的要求。6.构建了9311A、荃93-11A、9311S、93-11Y、9311H等93-11染色体片段代换系,这些代换系包括了不育系、恢复系,可用于杂交稻育种。7.以93-11A为不育系,以津恢780为恢复系配置杂交组合,9优78,高产、优质、抗病、广适应,具有综合优势。8.发展了种质鉴定、亲本塑造、杂交组合的分子育种程序,以越优16、9优78的选育为育种范例,证明了“种质鉴定、亲本塑造、杂交组合”为基本内容的分子育种程序,有望在新的育种计划中得到广泛应用。