随着社会发展和居民对健康需求的提高，疾病预防控制机构作为预防和控制疾病，保障居民健康的重要部门，越来越引起重视。近年来，政府对疾病预防控制机构的投入逐年增加，基础设施日益改善，经费和设备投入逐年加大，但疾病预防控制机构投入是否合理，效率是否充分发挥，产出是否最大化，目前投入和产出是否符合现状和达到国家、省、市标准、目标要求，这一系列问题均关系到居民健康水平能否有效提高。因此，对于疾病预防控制机构的投入产出效率需要一个较为科学、完善的评价体系进行评价。通过评价制定或调整下一步工作策略及投入重点和倾向，可以更有效的发挥疾病预防控制机构的作用，进而保障居民健康，提高居民健康水平。通过对相关文献资料进行检索，发现国内对疾病预防控制机构投入产出方面的研究较少，多集中在投入或产出的单项研究上，所采用的分析方法也多以描述性分析方法为主，很少有利用经济统计学的方法对疾病预防控制机构相关内容进行的研究。本文通过参考国内外相关研究，以石家庄市疾病预防控制机构2009-2014年的人力资源投入、经费投入、基础设施建设投入、硬件设施投入为主要投入评价指标，以儿童基础免疫疫苗接种率、传染病发病率、突发公共卫生事件处置情况、科研情况为主要产出指标，建立石家庄市疾病预防控制机构投入产出效率评价体系。通过对投入和产出指标进行描述分析的基础上，采用数据包络分析法（DEA）对石家庄市疾病预防控制机构投入产出效率进行综合研究分析，发现石家庄市疾病预防控制机构人力资源数量、质量、结构不合理，经费投入不足、公共职能偏废，投入产出效率欠佳等问题，并根据这些问题提出了部分对策建议，为政府部门制定疾病预防控制事业发展规划，优化疾病预防控制资源配置提供参考依据。