科研论文(Research Articles, RA)是科研人员发表其科研成果的一种主要形式。在国际学术界,长期以来,英语一直是撰写科研论文的媒介语言。在国内外,英语科研论文写作的教与学都非常重要,这一点在国内也备受关注。自从上世纪七十年代起,人们就开始了对科研论文的研究并且产生了诸多成果。比如Swales提出科研论文的结构包括引言-方法-结果-讨论四个部分,还有许多学者对于论文的语法特征做出了研究,等等。以衔接原则对科研论文中的功能句式所作的研究仍不多见,而英语句式和汉语句式的对比研究则更不多见。本文试图通过对汉语与英语科研论文的对比,对汉英科研论文各功能句式语篇衔接原则的异同做出总结与分析,并试图总结出论文中引言部分和材料与方法部分的规律。本研究从英汉科研论文中分别选取了60篇语篇,对每个语篇的衔接原则分别进行统计,每种衔接原则的频率也加以计算；通过对比对汉英科研论文各功能语篇的衔接原则进行总结与讨论；研究中样本均来自国内国际主要核心期刊,对数据的处理由Excel 2007软件实现。研究发现,在引言中,汉英RA的共同点是自然顺序原则和指称原则共同被使用；不同点在于累赘省略原则和共有知识省略原则上。在材料与方法部分,两者呈现出的共同点是一致性原则高频率被使用以及自然顺序原则的共同使用；不同点在于阻断原则、指称原则以及共有知识省略原则的使用上。这些异同点揭示出在撰写英语科研论文时,中国的科研人员应针对相同之处,则可依照汉语论文的原则展开；而对于不同之处,做出相应调整,以期撰写出与国际接轨的英语科研论文。