太湖为中国第三大淡水湖,生态功能价值巨大。菰(Zizania latifolia)为多年生宿根草本挺水观赏植物,禾本科菰属,稻亚科,稻族,菰喜温暖,喜阳光,菰与水稻是近缘属。菰在中国存在的历史悠久,最早记录可以追溯到3000年前的周代。菰具有优良的生态价值、观赏价值、食用价值、药用价值。菰属(Zizania L.)植物分为4种,分别是菰、水生菰、沼生菰、德克萨斯菰(又称流水菰)。菰主要分布在亚洲东部、东南亚和中南半岛地区,水生菰、沼生菰、德克萨斯菰主要分布在北美的美国、墨西哥、加拿大,欧洲地区也有分布,其中分布在美国的圣马克斯河岸的德克萨斯菰濒临灭绝。目前还未见太湖野生菰种质资源遗传多样性研究,此次太湖40个野生菰居群遗传多样性研究,意义在于为今后野生菰种质资源的调查、收集、保护、开发、利用、推广提供依据,以达到保护物种多样性,保护生态环境的目的,从而保护太湖生物多样性,维护生态平衡。同时为野生菰优良基因开发和利用、遗传进化研究提供依据。主要研究结果如下:(1)太湖地区野生菰分布广泛,生长能力强,但随着人类的开发建设及不合理开发利用,野生菰的数量正逐年减少。从调查的40个样点来看,生长在太湖的样点有18个,占比45%,其余22个样点野生菰均发现于距太湖湖岸3 km~5 km的小河、水沟或湿地。18个样点大多分布在太湖南侧的湖州和吴江市,太湖西侧南部大约25 km距离的河岸人为硬化,无菰植物生长。(2)从表观数据进行遗传多样性分析得出,太湖野生菰6个表观性状的平均变异系数为33.02%,变化幅度为18.34%~52.22%。进一步对太湖野生菰40个群落表观性状变异系数平均值分析得出,9个野生菰群落变异系数平均值在20%以上,22个居群变异系数平均值在10%~20%之间,10%以上的居群占比78%。同时从叶面形态上对太湖野生菰40个居群进行聚类分析,共分为四大类,其中两类叶面形态特征较突出,表观数据分析得出太湖野生菰遗传变异大,遗传多样性水平高,太湖西侧北部、太湖北侧及太湖东南侧、南侧相比其他方位菰遗传变异程度高。(3)通过SSR分子标记技术,对太湖野生菰40个群落88个样本进行了种质资源遗传多样性及遗传结构研究分析。经过筛选的19对SSR标记共扩增出条带113条,其中多态性条带111条,多态性百分比98.23%,居群间基因多样性指数(He)为0.2763,信息指数(I)为0.4288;遗传距离(GS)在0.0681~0.8224之间,遗传相似性系数(GS)在0.4394~0.9342之间;采用UPGMA法对40个居群进行聚类分析,阈值为0.195时,将40个居群分为11类;居群间和居群内显著性检测显示P<0.01,说明差异极显著,居群的遗传结构差异大。通过遗传变异性强弱和遗传结构差异大小表明,太湖地区野生菰居群间SSR基因型的多样性丰富,遗传多样性水平高,从太湖地区不同方位群落发生显著变异出现的频率和数量来看,大致可以将太湖地区野生菰种质资源遗传多样性水平高低排序为:西侧北半边、北部>东南、南部>东部、东北。