实验利用限制性片段长度多态性(RFLP)技术,对中国大陆6水系15个地区及1个俄罗斯地区现有绒螯蟹16个自然群体和289个个体的线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)基因进行了限制性片段长度多态性比较,探讨了不同水系绒螯蟹自然群体的遗传差异和群体遗传多样性,并针对长江水系中华绒螯蟹种质资源混杂、滥捕蟹苗和亲本杂交导致种质不纯等现象,着重对长江水系中华绒螯蟹的线粒体COI基因片段进行了限制性片段长度多态性(RFLP)和变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析。研究结果表明:1.通过对绒螯蟹16个自然群体的RFLP分析表明,限制性内切酶Tas I-RFLP标记可作为区分合浦绒螯蟹和中华绒螯蟹、日本绒螯蟹、狭额绒螯蟹的分子遗传标记;瓯江、长江、黄河、海河和辽河水系中华绒螯蟹各群体间最大遗传距离为0.015,最小遗传距离为0,可定义为中华绒螯蟹的不同地理种群;狭额绒螯蟹与上述群体间的遗传距离介于0.147～0.195之间,定义为绒螯蟹属种间的遗传距离。2.在289个绒螯蟹个体的11个群体中,共检测到15种复合单倍型,其中复合单倍型1为除合浦绒螯蟹以外的群体所共有,均以该复合单倍型为主,复合单倍型4在合浦绒螯蟹群体中占有较大的比例;合浦绒螯蟹与黄河、海河、辽河水系中华绒螯蟹的遗传差异最为明显(Pnet=0.060～0.061);不同水系中华绒螯蟹及合浦绒螯蟹和日本绒螯蟹具有一定的群体内遗传多态性(π=0.0002～0.0167)。3.长江水系南京和江都地区中华绒螯蟹共61个个体的8种(识别4碱基)和11种(8种识别4碱基和3种识别6碱基)限制性内切酶RFLP分析表明,在8种限制性内切酶的分析中,南京和江都群体的线粒体COI基因多态度π值分别为0.008和0.019,与11种限制性内切酶分析的结果一致(0.007和0.016),说明长江水系中华绒螯蟹具有一定的群体内遗传多样性。4.首次应用变性梯度凝胶电泳(DGGE)对长江水系南京地区中华绒螯蟹线粒体COI基因进行分析,比RFLP技术能检测出更多得DNA的多态性,结果更为精确。