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无菌性脑膜炎是儿童常见的重大疾病,肠道病毒是引起该疾病的重要病因。埃可病毒9型(ECHO9)是从无菌性脑炎患者检测到的最常见的肠道病毒型别,常以散发或流行的形式出现。本研究目的是对云南昆明地区5岁以下住院无菌性脑膜炎儿童进行ECH09分子流行病学调查。收集临床病例资料和采集粪便标本,通过统计学、分子生物学和细胞培养等方法进行研究。肠道病毒型别(基因型)以及抗原变异主要由肠道病毒的VP1基因决定,因此对VP1基因分析,可确定病原体为ECHO9病毒以及其抗原变异情况。该研究对于无菌性脑膜的预防、控制和研究均具有重要意义。本实验通过对2009-2010年收集到的510份标本中提取病毒RNA,采用RT-PCR和测序的方法分析VP1基因,借助Omiga, Mega5.05等软件进行结果分析以及利用SPSS17.0软件包对临床资料进行统计学分析处理。病毒分离严格按照WHO《脊髓灰质炎实验室手册》规定的方法进行。临床特征分析结果表明：感染ECHO9的患者与未感染ECHO9的患者在年龄、性别的分布及症状与检查没有统计学意义,提示临床特征分析不能直接鉴别是否为ECH09感染。序列分析结果表明：(1)ECHO9阳性检出率达到了8.82%,但相较于原型株(DM株),本次收集的样品的部分VP1区出现了核苷酸序列的变异,进化树显示A236,A238,F50与2000年云南株形成一支,其余各样品形成另外一支。(2)通过对BC-环的氨基酸比较发现：与ECHO9原型株(DM株)相比,除USA-10606, ES23-Bb-ED-07, France258066-05, IS02-ns-EW-04, GB24-Br-EA-08, E9-TS-1482-Kras-RU-2008,183-00-YN-CHN-2000,A271之外均发生了替代。细胞培养结果表明：将45份鉴定为ECHO9的标本经过细胞培养后分离出1株ECHO9病毒株。综上所述,患儿的临床表现与是否为ECHO9感染无明显相关性；ECHO9病毒株存在明显的地域分布性,而且同一地区也存在差异,表明可能存在不同的传播途径；序列分析结果表明ECHO9出现一定变异；对于病毒型别鉴定,PCR的灵敏度高于细胞分离。这些变化是否会影响到其免疫原性和其他功能,有待进一步研究来确定。