【摘 要】
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海洋约占地球总面积的71%,其中深海占据整个海洋的绝大部分,海洋作为地球上最大的生态系统,拥有丰富的微生物资源,然而对其研究仍处于初级阶段。深海因其具有低温、高压、寡营养、无光照等特殊环境特点,极端的环境孕育了特殊的微生物群落结构。因实验室难以模拟复制真实的海洋生态环境,使得实验室条件下可培养的微生物数量与海洋中实际存在的微生物数量之间差距悬殊,这成为研究微生物、认识海洋、深入开发利用海洋资源的一
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海洋约占地球总面积的71%,其中深海占据整个海洋的绝大部分,海洋作为地球上最大的生态系统,拥有丰富的微生物资源,然而对其研究仍处于初级阶段。深海因其具有低温、高压、寡营养、无光照等特殊环境特点,极端的环境孕育了特殊的微生物群落结构。因实验室难以模拟复制真实的海洋生态环境,使得实验室条件下可培养的微生物数量与海洋中实际存在的微生物数量之间差距悬殊,这成为研究微生物、认识海洋、深入开发利用海洋资源的一个障碍。基于复杂的海洋环境,在对海洋微生物进行分离培养时,可根据微生物自身特性和其特殊生存环境特点,设计与生存环境相似的培养条件和培养方法来提高海洋微生物的分离培养效率。还可以利用多种分离培养方法、培养技术相结合的手段,同时综合考虑微生物未被培养的原因以及微生物可培养的影响因素,从而进一步提高海洋可培养微生物的数量,使更多的微生物能够实现实验室条件下的分离培养,加深对海洋微生物的研究应用。本研究从新不列颠海沟采集的24个海水和沉积物样品中共分离获得131株细菌,这些菌在归类上隶属于4个门、6个纲、16个目、31个科、59个属,131个种。在门的分类水平上,放线菌门(Actinobacteria)17株菌,占分离细菌总数的13%;拟杆菌门(Bacteroidetes)8株菌,占分离细菌总数的6%;厚壁菌门(Firmicutes)21株菌,占分离细菌总数的16%,变形菌门(Proteobacteria)85株菌,占分离细菌总数的65%。在变形菌门中,从菌种数量上看,γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)菌种多样性最丰富,有53株菌,α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)30株菌,β-变形菌纲(Betaproteobacteria)2株菌。优势属为Alcanivorax、Bacillus、Halomonas、Marinobacter、Microbacterium、Pseudomonas、Qipengyuania、Thalassospira等8个属,其中Alcanivorax属6个种,Bacillus属8个种,Halomonas属8个种,Marinobacter属10个种,Microbacterium属9个种,Pseudomonas属10个种,Qipengyuania属5个种,Thalassospira属4个种。从多个角度对分离到的这131株菌进行了多样性分析。本研究从新不列颠海沟W站位海水样品(149.8°E,7.0°S,水深4000米)中分离获得一株新型耐冷菌株W43T,16S r RNA基因序列与Sedimentitalea nanhaiensis DSM 24252T相似性最高,为96.5%。基于16S r RNA基因和全基因组的系统发育分析显示,菌株W43T与红杆菌科(Rhodobacteraceae)内的其他属处于平行关系,形成了一个独立的进化分支。菌株W43T是革兰氏阴性菌,好氧,细胞形态为无鞭毛的杆状,最适生长温度为16-20°C,最适生长p H为6.5-7.0,最适生长盐度为2%。菌株W43T的主要脂肪酸为C18:1ω7c/C18:1ω6c,主要呼吸醌为泛醌10,主要极性脂有磷脂酰乙醇胺、磷脂酰甘油和二磷脂酰甘油。基因组全长5080 916 bp,包含一条环状染色体和四个环状质粒,G+C含量为55.9 mol%。基因组初步分析表明,菌株W43T拥有不饱和脂肪酸合成、PHA合成、甜菜碱等相容性溶质合成转运等低温适应相关基因,初步显示出其适应深海低温环境的分子基础。基于表型、化学组分和生理生化特性综合分析表明,菌株W43T是代表红杆菌科(Rhodobacteraceae)的一个新属,命名为Parasedimentitalea marina gen.nov.,sp.nov.,模式菌株为W43T=MCCC 1K03532T=KCTC 62635T。本研究揭示了新不列颠海沟样品中可培养细菌的多样性,对其进行了多维度的多样性分析,并通过细菌新种鉴定实验确立了一个新属Parasedimentitalea Marina W43T在细菌分类学上的地位。研究结果既丰富了海洋微生物资源库菌种目录,对我们进一步了解新不列颠海沟微生物资源多样性尤其是可培养细菌多样性也具有一定指导意义,同时能帮助我们更好地理解微生物在海洋物质能量循环中的作用,认识神秘的海洋世界。
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