企业自主创新主要是技术创新。研究表明，技术创新活动不同于一般的市场活动，具有公共产品、外部性、风险和不确定性等特点，这些特点会导致技术创新私人市场投资失灵(Failure)。因此，政府必须对企业自主创新活动进行干预，给予企业创新投资以引导和激励，消除技术创新活动的市场失灵，保证创新企业的利益。政府对企业自主创新的支持有直接和间接两种方式，直接方式包括政府补贴和政府采购，而间接方式以税收优惠为主。由于受到经济环境，财政预算等多方面的限制，各国政府更偏重于间接资助方式，利用企业和市场的力量发挥税收优惠对自主创新投入的激励作用。本文旨在从税收政策的角度分析研究企业自主创新及相关问题，探索促进企业自主创新的税收政策。本文主体内容共四个部分，首先介绍了企业自主创新理论的提出，界定了企业自主创新的概念：“企业依靠自身实力主导创新活动而产生相应的知识产品，包括新产品、新技术、新工艺的研发与应用。”根据上述理论，借鉴国外经验，结合我国国情，提出我国的税收政策应从以下方面着手完善，以促进企业自主创新：制定和完善具有本国特色的科技税收法律体系，多方位、全过程加大税收政策支持企业自主创新的力度，注重各种税收优惠方式的协调配合。基于以上认识，本文进而对我国税收政策在促进企业自主创新战略中的现状作了分析，具体分析了我国现行企业自主创新税收政策在税制设计及具体运用方面存在的缺陷：税收优惠政策目标不明确，侧重点存在偏差；自主创新相关税收法律位阶较低，透明度和稳定性差；税收优惠方式单一，与主体税种不完全对称；优惠范围偏窄，覆盖面不广；增值税、所得税等存在制度性缺陷，此外，缺乏鼓励人力资本投入的税收政策以及支持产学研联合开发、中小企业和风险投资的税收政策等。鉴于此，本文第五部分提出了改革和完善我国促进企业自主创新的税收政策的思路设想：建立一套行之有效的科技税收体系，确立明确的技术创新税收优惠政策目标，提高自主创新税收政策的法律位阶，调整优惠对象和方式，扩大税收优惠政策的覆盖面，选择合理有效的税种实施税收优惠；进一步改革和完善现行税收制度，改革增值税制，规范所得税制，完善人力资本激励政策，建立鼓励风险投资及产学研联合开发的税收优惠政策；完善相关配套政策，确立企业的创新主体地位，建立促进企业R＆D合作政策机制、科技投资项目立项登记制度和科技企业自主创新基金，加强对企业自主创新的税收服务。