目的：本研究围绕重庆、天津两地传染病领域组织体系的完善程度及其相关要素，通过政策文本量化明确两地完善程度现况及历年变化趋势；探究两地传染病防制组织体系完善程度的提高对两地甲乙类传染病发病率的影响；通过与传染病防制组织体系适宜标准比较，明确其差距所在，总结两地在传染病防制组织体系运行过程中的不足，并根据实际情况提出完善传染病防制组织体系的对策建议，以期进一步提高两地传染病防制水平。
　　方法：穷尽2000-2017年间重庆、天津两地政府、卫健委等官方网站发布的所有涉及到传染病防制的公开信息、研究文献，运用综合量化的方法通过加权测算得出传染病防制组织体系的完善程度，运用spearman相关、单因素回归分析组织体系完善程度与传染病发病率之间的关系。
　　结果：1.组织体系的完备程度：2017年，重庆市组织体系的完备程度在52个具体传染病问题中业务部门、关键支撑部门和其他部门综合量化组织体系的完备程度由49.3%提升至64.8%，较2000年提升31.4%，传染病组织体系的完备程度与传染病发病率之间呈负相关(r=-0.592，p<0.05)；天津组织架构完备程度45.9%提升至71.1%，较2000年提升了55%，传染病组织体系的完备程度与传染病发病率之间呈显著负相关(r=-0.985，p<0.0001)。
　　2.组织协调的权威程度：2017年，重庆市组织协调的权威程度在52个具体传染病问题中由重大传染病问题的统筹协调和常规工作的统筹协调综合量化组织协调的权威程度由11.7%%提升至15.9%，较2000年提升35.8%，传染病的组织协调的权威程度与传染病发病率之间呈负相关(r=-0.573，p<0.032)。天津市组织协调的权威程度由5.9%提升至7.9%，较2000年提升33.9%，传染病的组织协调的权威程度与传染病发病率之间呈负相关(r=-0.962，p<0.000)。
　　3.职责分工明确程度：2017年，重庆市职责分工的明确程度在52个具体传染病问题中由各类部门职责提及情况和各类部门职责考核情况综合量化后职责分工的明确程度由34.1%提升至39.5%，较2000年提升15.8%。重庆市职责分工的明确程度与传染病发病率之间呈负相关(r=-0.736，p<0.003)，天津市职责分工的明确程度由33.8%提升至40.1%，较2000年提升18.6%，与传染病发病率之间呈显著负相关(r=0.792，p<0.001)。
　　4.组织体系的完善程度：2017年，重庆市组织体系的完善程度在52个具体传染病问题中由组织体系的完备程度、组织协调的权威程度和职责分工的明确程度综合量化后组织体系的完善程度由33.4%提升至46.6%，较2000年提升39.5%。重庆市组织体系的完善程度与传染病发病率之间呈显著负相关(r=-0.572，p<0.032)。天津市组织体系完善程度由32.9%提升至48.3%，较2000年提升了46.8%。天津市组织体系的完善程度与传染病发病率之间呈负相关(r=-0.956，p<0.000)。
　　结论：目前重庆和天津两地均高度重视传染病防制工作，两地传染病防制组织体系已基本形成并发挥着预防控制的作用，但两地传染病防制组织体系并不完善，关键支撑部门的部门覆盖程度低，两地缺乏常态化权威的协调机制，各部门的职责尚不明确，部门的职责考核并不完善；组织体系完善程度的不断提升，将有效降低两地传染病甲乙类传染病发病率。要推动两地传染病预防控制水平的提高，必须完善其传染病防制组织体系，提升其全面性、权威性、可落实性。进一步扩大体系中的部门覆盖范围，建立常态化的组织协调机制，提高权威性从而有效协调各方积极参与到传染病预防控制工作当中去，同时要明确各部门的职责分工，落实部门责任，制定考核标准，同时也要强化属地管理，因地制宜完善传染病防制组织体系建设，此外政府还应该合理扩大对传染病的关注范围，从而不断完善传染病防制组织体系，提高传染病防制水平，切实降低传染病发病率。