1992年10月14日,国务院颁布《中药品种保护条例》,并于1993年1月1日起正式实施。该制度已经历时24年之久,作为特有的行政保护方式,补充了私法保护尚未涉及到的领域。中药品种保护制度为保护中药生产企业的市场准入而设置,设置之初主要针对当时中药生产市场混乱而制定,将鼓励中药品种的研究、开发,保护中药知识产权,保护中药文化遗产,加速中药国际化进程,促进中医药产业健康稳定发展作为出发点。但自93年颁布以来,并在2009年国家食品药品监督管理局颁布《中药品种保护指导原则》对品保制度的具体操作进行了细化,并未触及到制度的定位问题及与中药知识产权保护的关系。中药保护仍然未形成一个稳定且成熟的保护体系,诸多由中药市场变化所带来的新问题仍需面对。本文在国内外文献研究的基础上,以中药品种保护制度为研究对象,从保护制度的理论及实践中分析其贡献与价值。根据中药专利保护、品种保护数据分析,中药专利保护与品种保护的对比分析,以期汲取知识产权保护模式,寻求更全面的中药保护体系。同时,依据中药品种保护制度自实施以来中药企业申请并获批保护证书数量分析,寻求中药品种保护制度的尚未成熟之处,并提出在接下来制度完善的过程中,作为一项行政条例,应首先寻求中药企业及相关个人的私权利与公共利益的平衡,充实中药品种保护的权利内容;其次,对于保护制度的保护客体应明确定位于中成药保护,并且弱化一、二级保护分类;同时,中药品种保护制度在新时期的任务应向鼓励中药品种的创新倾斜;最后,中药品种保护制度应与其他中药保护方式相互协调、互为补充,形成完备、成熟的中药保护体系。