目的通过对大头金蝇线粒体DNA遗传多样性和种群遗传结构进行分析。试图找到与地缘关系密切相关的差异性位点,并进一步通过法医学验证将地里种群的分化研究与第一案发现场的推断结合起来。方法采用PCR扩增及第一代测序相结合的方式,从南向北对分布在我国的10个地区、16个采集点,共64例大头金蝇样本的线粒体DNA序列进行扩增,并通过多重序列比对展开遗传多样性研究。地域种群的聚类分析采用PCoA主坐标相似性聚类。Mantel检验分析种群间的遗传距离与地理距离的相关性。用分子变异分析方法(AMOVA)分析群体间遗传分化指数Fst并用排列测验法检测Fst的显著性。采用中性检验,计算Fu’sFs值来推断群体发生扩张的历史。通过多重序列比对统计归纳与地缘关系密切相关的单倍型类型。结果从平均遗传距离上看,大头金蝇线粒体DNA进化速率最快的是ND3、ND4基因,其次是CYTB基因,而ATP8非常保守未发现变异位点产生。处于高纬度地区的内蒙古种群其Tajima’sD值和Fu’sFs值检测结果均为负值,表明该地域有扩张分化的趋势。Mantel检验结果示种群间的遗传距离与地理距离间有着显著的相关关系。分子变异分析(AMOVA),Fst=0.23208(P<0.01),示76.79%的变异来自群体间,23.21%的变异来自群体内,表明大头金蝇10个群体间发生了显著的遗传分化。通过PCoA聚类分析、构建系统发育树和NETWORK网络图看出不同地域种群分化为A、B、C共3个小亚种。通过多序列比对及单倍型统计,A亚种在4785和5804位置上突变与未突变产生的两种单倍型与地域分布有关;B亚种内云南地域种群的rRNA编码区整体进化趋势滞后,表现为13533、14304、14305、14521、14849位点整体相对无变异;B亚种内蒙古种群整体在ND5编码区有着比其他地域样本更高的核苷酸多态性。结论通过生物遗传多样性分析示大头金蝇地理种群间存在明显差异,不同地域样本之间的序列差异能够在一定程度上反应地理位置的差异,其中A亚种在4785和5804位置上突变与未突变产生的两种单倍型以及B亚种内云南地域种群的rRNA编码区的单倍型可以为法医学家通过法医昆虫推断第一案发现场提供理论依据。对进一步完善法医昆虫学研究及其在死亡地点中的推断提供新思路。