乳腺癌差异表达基因NUF2的筛选及其功能验证

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目的:筛选乳腺癌中差异表达基因,分析其与乳腺癌预后的相关性,研究其对乳腺癌细胞增殖和凋亡的影响。方法:利用GEO和TCGA数据库中的乳腺癌相关微阵列数据集进行生物信息学分析,得到乳腺癌中的差异表达基因(DEGs);通过GO和KEGG分析研究DEGs富集的生物学功能(BP)和信号通路。通过PPI网络分析以及文献挖掘,选择NUF2作为研究对象;通过公共数据库及临床标本分析NUF2在乳腺癌组织中的表达及其与乳腺癌临床病理特征和预后的相关性;GSEA分析预测NUF2在乳腺癌中可能参与的信号通路。乳腺癌细胞MCF-7和MDA-MB-231中转染NUF2 siRNA,RT-qPCR和Western blot验证干扰效率;克隆形成实验和CCK-8实验检测乳腺癌细胞增殖能力的变化;流式细胞术检测乳腺癌细胞凋亡率的变化。结果:1.以正常乳腺组织为对照,在GSE45827,GSE42568,GSE65194和TCGA四个数据集中共筛选到190个表达趋势一致的DEGs,其中65个DEGs表达上调,125个DEGs表达下调。2.GO BP富集分析提示上调的DEGs主要富集于细胞分裂、有丝分裂核分裂和有丝分裂细胞周期G2/M转变等生物学功能,而下调的DEGs与脂质代谢过程、胆固醇稳态和葡萄糖代谢过程显著相关;KEGG信号通路富集分析表明上调的DEGs与p53信号传导途径、细胞周期和ECM-受体相互作用等通路相关;而PPAR、AMPK等信号通路与下调的DEGs相关。3.通过PPI网络分析,选择包含35个DEGs的功能模块进一步分析,以TCGA数据库中DEGs的log |FC|值为标准对其进行排序,对排在前10位的DEGs进行文献挖掘,选择NUF2作为研究对象。4.NUF2在乳腺癌中表达上调,且与年龄(p<0.001),ER状态(p<0.001),PR状态(p<0.001),TNM分期(p=0.032)和分子亚型(p<0.001)显著相关。5.NUF2表达与乳腺癌预后显著相关,且在ER阳性乳腺癌中相关性更显著。随NUF2表达升高,乳腺癌患者总体生存率(OS)(p<0.05)与无进展生存率(PFS)(p<0.05)呈下降趋势。6.GSEA分析结果显示,NUF2主要通过细胞周期,DNA复制以及p53信号传导等通路参与乳腺癌的发生发展。7.MCF-7和MDA-MB-231 细胞转染NUF2 siRNA后,RT-qPCR和Western blot结果显示干扰效果明显;干扰NUF2表达可抑制乳腺癌细胞的增殖,并促进其凋亡。结论:NUF2在乳腺癌中高表达,且其表达水平与ER状态、PR状态、TNM分期和分子亚型等临床病理特征显著相关。NUF2高表达乳腺癌患者的预后较低表达患者差,因此NUF2有望成为乳腺癌预后标志物。干扰NUF2的表达可抑制乳腺癌细胞的增殖、促进凋亡,提示NUF2可作为乳腺癌的潜在治疗靶点。
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