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六倍体普通小麦(Triticum aestivum)作为通过异源多倍化过程形成的最典型物种之一,具有重要的农业地位。六倍体小麦的三个二倍体祖先中的两个已经得到确认:乌拉尔图小麦Triticum urartu和粗山羊草Aegilops tauschii,但B基因组的起源仍存在争议。微卫星重复序列是植物基因组的重要组成部分,分布在整个基因组中。最初被认为是―垃圾DNA‖,而最近的研究已经证明他们可以在影响基因活动、染色质组织变化和DNA代谢过程中发挥关键的作用。除了它们的直接生物功能,微卫星已经被证明是高可变共显性标记的丰富来源,因为它们经历了高速率的单碱基插入和缺失突变。在过去15年,微卫星标记广泛用于许多研究领域,如数量性状位点(QTL)作图,遗传多样性研究,标记辅助选择和进化研究。本研究利用最新版本的六倍体普通小麦survey序列和已测序的其他禾本科物种序列,利用MISA软件寻找SSR位点,普查禾本科物种SSR的分布丰度情况,并利用Primer5.0合成小麦SSR maker,通过电子PCR进行模拟扩增,根据扩增结果分析小麦近缘种之间的进化关系;筛选合成的小麦SSR maker中的特异引物,分析其在小麦不同品种间的多态性及在近缘种间的可转导性,并随机挑选合成21对引物进行验证。得到以下结果:(1)17个测序的物种(14种禾本科植物和另外三个物种)中,共有4,763,266个SSR位点被检测到,平均分布频率为126.83个/Mb,其中8个Triticeae物种的SSR特征相似。(2)Aegilops tauschii是与六倍体小麦亲缘关系最接近的物种,其次分别是Triticum urartu,Triticum turgidum和Aegilops speltoides,而Triticum monococcum,Aegilops sharonensis和Hordeum vulgare显示出相对较低的PCR扩增效率。(3)六倍体小麦亚基因组内序列的相似度高于同源染色体相互之间的序列相似性。(4)经过严格筛选,共有20169个标记物在小麦及其近缘物种中显示出很高的扩增效率和多态性潜力。后与公开的已有小麦分子标记整合,锚定到中国春的基因组中。