人类活动可以在很大程度上改变土壤的性质和功能，微生物作为土壤的重要组成部分与土壤功能息息相关，研究不同土地利用方式对微生物群落的影响对于科学利用土壤资源具有重要意义。此外，由于绝大部分土壤微生物难以被分离培养，建立微生物群落与环境因子间的联系对于研究微生物功能也非常重要。本研究分析了红壤不同利用方式(包括恢复区、退化区、农作区、茶园区和湿地松区)和剖面深度下细菌、真菌、古菌(基于rRNA基因的分析)以及氨氧化细菌和古菌(基于amoA基因的分析)的含量和结构组成。采用的微生物群落分析方法主要为荧光定量PCR和末端限制性片断多态性分析(T-RFLP)，同时结合克隆文库和测序分析。结果表明，细菌、真菌的含量在表层土中普遍高于亚表层土，与有机质呈正相关关系，而古菌则相反。不同利用方式和剖面深度对细菌和古菌的结构都有显著影响，其中不同利用方式为主要影响因子，尤其是农作区和退化区与其它区域的差异最为明显。退化区的古菌以1.1c相关类群为主，而其它区域以1.1a/b类群为主。真菌分布的随机性较强。不同利用方式也是细菌和古菌amoA基因含量的主要影响因子，但在某些处理区内不同剖面深度间的差异显著。氨氧化潜势与细菌amoA基因而非古菌amoA基因的含量间存在极显著正相关关系。古菌amoA基因可归于1.1a相关类群，农作区尤其是表层土的古菌amoA基因组成明显区别于其它区域。细菌amoA基因组成的变化不明显，各区的优势类群都为亚硝化螺菌属的10&11类群。所有这些参数的变化揭示了不同利用方式对于土壤性质的显著作用，尤其是农作区和退化区与其它区域的差异明显，而且以表层土的差异最大，在很大程度上反映了人类活动对于土壤性质及潜在功能的重要影响。