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目的:了解结核分枝杆菌卷曲霉素耐药相关基因的突变情况以及与卷曲霉素药敏表型的相关性,为卷曲霉素的临床应用提供参考。方法:收集2017年-2018年我院肺结核患者临床痰标本进行抗酸染色、结核分枝杆菌培养,获结核分枝杆菌临床分离菌株。将培养的临床分离菌株予CTAB法提取DNA,行全基因组测序,与结核分枝杆菌标准菌株H37Rv序列进行比对,了解卷曲霉素耐药相关基因rrs、tlyA、eis、rpsL、Rv1258C及Rv0194基因的突变情况;将痰培养阳性的结核分枝杆菌临床分离株进行抗结核一线和二线药的表型药物敏感试验,分析对比卷曲霉素耐药相关基因突变与药敏表型的关系,以及卷曲霉素与利福平耐药的相关性。结果:本研究将124例结核分枝杆菌临床分离株通过CTAB法提取所得的菌株DNA外送全基因组测序,成功获得123例全基因组测序的数据。在123例结核分枝杆菌临床分离株中共发现卷曲霉素6个耐药相关基因的37个突变点,其中23个为非同义突变。卷曲霉素6个耐药相关基因rrs、tlyA、eis、rpsL、Rv1258C及Rv0194突变情况如下:rrs共出现6个突变点,分别为A1401G、A1356G、G5T、A514C、A908C和C1236T,突变率为10.6%(13/123),该基因不编码蛋白质;tlyA共出现3个突变点,其中2个突变点A33G和C582G为同义突变,C86T突变点为非同义突变,非同义突变率为0.8%(1/123);eis共出现3个突变点,其中2个突变点G11A和T501G为非同义突变,C1122T突变点为同义突变,非同义突变率为1.6%(2/123);rpsL共出现3个突变点,3个突变点A128G、A263G和A263C均为非同义突变,突变率为22.0%(27/123);Rv1258C共出现6个突变点,其中4个突变点C55T、C633T、G1240A和C322T为非同义突变,2个突变点C1065T和C57T为同义突变,非同义突变率为3.3%(4/123);Rv0194共出现16个突变点,其中13个突变点T221C、C3293T、A1384G、C292G、T2575C、C1810T、A571G、C633G、T3395A、C752A、A3133G、C661A和C1985T为非同义突变,3个突变点G2814A、C2308T和C93T为同义突变,非同义突变率为100%(123/123)。123例结核分枝杆菌临床分离株卷曲霉素表型药敏显示:敏感113例,耐药4例,1例污染、5例无菌生长。4例卷曲霉素表型耐药菌株中,共出现3个基因的4个非同义突变点:Rv0194基因C3293T和T221C、rpsL基因A128G,以及rrs基因A1401G。4例卷曲霉素表型耐药菌株均发生Rv0194基因的T221C和C3293T突变,其中3例还出现rpsL基因A128G突变,该3例中有2例出现rrs基因A1401G突变。123例结核分枝杆菌临床分离株利福平表型药敏显示:敏感71例,耐药52例,4例卷曲霉素表型耐药的菌株均出现在利福平表型耐药菌株中。结论:本研究在卷曲霉素耐药相关基因rrs、tlyA、eis、rpsL、Rv1258C及Rv01946基因中发现23个非同义突变。rrs基因A1401G、Rv0194基因C3293T和rpsL基因A128G突变与卷曲霉素表型耐药可能相关,rrs基因A1356G、G5T、A514C和C1236T,tlyA基因A33G、C582G和C86T,eis基因G11A、T501G和C1122T,rpsL基因A263G,Rv1258C基因C55T、C633T、G1240A、C322T、C1065T和C57T,Rv0194基因T221C、A1384G、C292G、T2575C、A571G、C633G、T3395A、C752A、A3133G、C661A、C1985T、G2814A、C2308T和C93T突变与卷曲霉素耐药无明显关系。在检测的23个非同义突变中eis基因G11A和T501G,Rv1258C基因C55T、C633T和C322T,Rv01946基因C292G、T2575C、C1810T、A571G、C633G、T3395A、C752A、A3133G、C661A和C1985T共15个突变点以及rrs基因A1356G、G5T和C1236T突变,共18个突变点目前未见文献报道。同时,卷曲霉素耐药与利福平耐药存在相关性。提示结核病患者对卷曲霉素存在耐药风险,临床用药前应先进行卷曲霉素耐药筛查,以指导临床用药。