本研究通过BLAST比对GeneBank上己公布的27条代表7个基因型的HCV国际参考毒株的全基因组序列以确定RT-LAMP目标序列,根据GenBank公布的HCV lb型基因组全序列(登录号GU451224)的5-UTR和核心蛋白的保守片段,设计出RT-LAMP特异的内引物FIP、BIP和外引物F3、B3,构建了HCV环介导等温扩增检测方法。该方法的最低检测限度为600IUmL-1,以HAV, HBV和HEV为模板均扩增不出阳性结果。将该方法、实时定量PCR和巢式PCR分别对所采集的106份HCV阳性血清样品进行检测,其检测率分别为95%,96%and88%。以上结果显示该方法有较好的特异性和敏感性,适用于人突发性急性HCV感染的早期诊断,也可以用于对灵长类动物的HCV病原学调查和流行病学调查。通过生物软件(Codon W)计算了144条HCV基因组全序列的相对同义密码子使用度(RSCU)、病毒基因组编码蛋白的芳香性和疏水性、有效密码子数(ENC)和病毒基因组碱基组成成份等,并通过相关性分析法和多元统计分析法对影响密码子使用模式形成的因素进行调查,发现所有的丰富密码子都是以C/G结尾的密码子,1a和1b亚型有不同密码子使用偏性,并且通过比较其宿主的密码子使用情况发现其密码子的使用偏性与宿主是成部分拮抗的。从HCV的同义密码子使用偏性特点、碱基组成特点、以及相关性分析结果显示突变压力是影响HCV密码子使用模式的主要因素,选择压力对其密码子使用偏性也有一定作用。由于现今样本有限,从灵长类动物和从人血清中分离出来的HCV密码使用偏性还需要进一步调查和分析。