近年我国电子商务呈现出了爆炸式的发展趋势,电子商务模式依仗其快速与便捷的优势,在与传统商务的竞争中抢得先机,而纵观我国传统零售商务,其市场份额却在大幅下降。越来越多的传统零售商认识到网络渠道拥有的优势是传统渠道无法比拟的,纷纷将目标放在基于电子商务的网络渠道上,各级政府也纷纷出台了电子商务“十三五”规划并设定了一系列的补贴政策,旨在促进传统零售渠道和电子渠道的双渠道销售融合,在这样的背景下,零售商双渠道供应链逐渐成为主流。因此,本文结合理论分析与数值算例仿真分析。在对以往学者的文献进行梳理归纳后,以政府创新补贴为背景,以单一制造商与拥有线上、线下销售渠道的单一零售商组成的零售商双渠道供应链为研究对象,引入制造商创新系数与政府补贴系数,构建了在政府补贴前后不同主导权结构下零售商双渠道供应链博弈模型,以研究政府补贴前后零售商双渠道供应链各成员的最佳定价策略,并运用逆向归纳法对各个模型进行求解分析,最后运用仿真软件对各个理论模型进行了仿真研究,并就仿真结果进行了分析。研究结果表明:政府补贴前后,制造商处于主导地位时,其最优批发价与零售商的最优销售价都与渠道交叉价格弹性系数呈单调递增关系;零售商处于主导地位时,当其给制造商的保留利润为零时,制造商的最优批发价格随着渠道交叉价格弹性系数的增大而减小,零售商的最优销售价格随着渠道交叉价格弹性系数的增大而增大,当其给制造商的保留利润为最大值时,研究结论与制造商占主导地位时的研究结论一样;供应链成员的利润都随着渠道交叉价格弹性系数的增大而增大。此外,政府创新补贴能有效激励制造商进行创新,增加政府创新补贴能拉动供应链整体利润的增长;制造商批发价与零售商的销售价格为政府补贴系数的减函数;制造商与零售商利润都与政府创新补贴系数呈单调递增函数。本文最后通过算例对研究问题进行了深入探讨,给出了政府效用最大化时政府应该设置的创新补贴激励系数,研究结论可为政府制定合理决策提供理论依据和有效参考。