随着世界范围内科技的蓬勃发展和国际间科技竞争的加剧，科技投入资金也大幅度增加，科研院所承担研究解决经济、国防建设和社会发展中的关键性的科学技术问题，科研项目经费的管理显得尤为重要。但针对我国预算管理在科研院所的应用研究较少，科研院所在全面预算管理实际应用方面存在很多问题。因此，建立一套适应科研单位的预算管理模式和机制己经成为当务之急。基于以上观点，本文首先对于全面预算管理的相关理论进行了论述，并对我国科研院所全面预算管理的流程和科研院所的预算管理的特征进行阐述。然后结合LF研究院全面预算管理的概况、预算内容、管理制度等进行了分析总结,找出了现行全面预算管理中存在的问题。在此基础上,结合全面预算管理的理论依据，采用调查研究等方法，梳理LF研究院全面预算管理中存在问题，提出优化改进LF研究院全面预算管理的对策及建议，并对优化LF研究院全面预算管理的对策及建议进行了效果评价。最后，研究认为全面预算管理要围绕其核心思想，才能提高LF研究院预算管理的效率，才能更好地发挥预算管理作为内控组成部分的重要职能；全面预算管理的完善需要是一个循序渐进的过程，提高单位每个部门和员工的认识，抓好预算管理的每个环节，持续改进，维护预算管理的环境，才能发挥全面预算管理在企业管理中的巨大作用。期望为科研院所进行全面预算管理有效实施提供借鉴。