近年来,再发及新发病毒性流行病时常发生,对人类和动物的健康和生命造成严重的威胁,已成为全人类面临的公共卫生性难题。人类的很多病毒性传染病通常都与动物有着密切的关系。鼠类与人类的生活接触较为密切,而且鼠类携带有大量的致病性病毒如:引起肾综合征出血热(HFRS)的Hantavirus、y引起人拉撒热的沙粒病毒科病毒(Arenaviridae)、导致人类急性胃肠炎发生的诺瓦克病毒、引起高至死率的hantavirus pulmonary syndrome(HPS)的Sin Nombre virus(SNV)等。因而,了解和掌握鼠类携带病毒的情况对于防控及治疗鼠源病毒性流行病具有重要的意义。传统的病毒鉴定技术和研究方法在挖掘新病毒以及新发传染性疾病的提前预警方面存在较大的局限性。基于二代测序技术的病毒宏基因组学(Viral Metagenomics)研究方法直接以样本中的所有病毒核酸为研究对象,能够检测出样品中存在的已知病毒及未知病毒,该技术出现和兴起为探索新病毒及诊断新发病毒性传染病提供了技术支持。为了了解和掌握鼠类肠道内病毒群落的组成以及挖掘新病毒,本研究运用病毒宏基因组学方法对采自泰州地区的鼠肠道内容物样品进行研究。本研究主要内容和结果如下:(一)鼠肠道病毒群落的组成结果显鼠类肠道病毒群落的组成包括:腺病毒科(Adenoviridae)、指环病毒科(Anelloviridae)、布尼亚病毒科(Bunyaviridae)、杯状病毒科(Caliciviridae)、黄病毒科(Flaviviridae)、冠状病毒科(Coronaviridae)、二顺反子病毒科(Dicistroviridae)、疱疹病毒科(Herpesviridae)、人类内源性逆转录病毒(HERV)、微小噬菌体科(Microviridae)、乳头瘤病毒科(Papillomaviridae)、细小病毒科(Parvoviridae),藻类去氧核糖核苷酸病毒科(Phycodnaviridae)、微小RNA病毒科(Picornaviridae)、痘病毒科(Poxviridae)、逆转录病毒科(Retroviridae)、全病毒科(Totiviridae)、帚状病毒科(Virgaviridae)、圆环病毒科(Circoviridae)、星状病毒科(Astroviridae)及未分科病毒和其他病毒。病毒群落分析提示:(1)鼠肠道病毒群落组成中逆转录病毒科、未分类科病毒、、微小噬菌体科、人类内源性逆转录病毒科构成了病毒群落的主体,分别占总病毒群落的60.5%、10.42%、5.54%、4.59%。(2)TRat07、TRat08、TRat09三个病毒库存在杯状病毒科和腺病毒科,且TRat07库所含序列较多而TRat08、TRat09所含序列较少。(3)病毒文库含有多种能够感染哺乳动物的病毒。(二)新病毒的鉴定(1)新型Gemycircularvirus从鼠肠道内容物样品中发现了新的gemycircularvirus,该类病毒为新近在人类、多种动物体内甚至是环境样品发现的单链环形DNA病毒。目前该病毒是否能够致病甚至是否能在动物体内复制尚无确切定论。为了进一步确认gemycircularvirus是在老鼠血液样品内存在,本研究根据鼠粪便样品发现的gemycircularvirus REP基因的核酸序列设计兼并引物,对50份实验鼠的血液样品进行检测,结果在4份实验样品中发现了该病毒序列并进行测序,基于该361bp的DNA片段分析显示4条序列的相似度为100%。选取其中一份阳性样品进行鼠gemycircularvirus的全基因组扩增,结果显示鼠gemycircularvirus全基因组由2188个碱基组成,其基因组含有两个方向相反的基因分别编码衣壳蛋白(Cap)及复制蛋白(Rep)两种蛋白。根据病毒的保守蛋白(Rep)的氨基酸序列进行进化分析结果显示,该病毒毒株与来自鸟的gemycircularvirus(KF371635)和蚊子的gemycircularvirus(KF371635)聚集,同源性分别是48.7%和49.4%,显示该病毒属于新的gemycircularvirus。(2)新型Bufavirus研究中发现了一株新的Bufavirus命名为Rat Buv。该病毒近全基因组序列为4643bp,主要编码三种蛋白分别是非结构蛋白(NS1)、衣壳蛋白1(VP1)以及衣壳蛋白2(VP2);基于全基因组的进化分析显示Rat Buv与Mpulungu bufavirus(Mp Bu V)聚集形成了单独的进化枝。基于NS1、VP1、VP2氨基酸序列分析显示Rat Bu V与人Bu Vs、Mp Bu V、WUHARV细小病毒的同源性分别是50.6–77.2%,48.3–77.3%和47.1–78.3%。因此,认为Rat Buv是细小病毒属中新的病毒种。对40份鼠肠道内容物样品检测发现有5份样品Rat Bu V为阳性,阳性率为12.5%。阳性样品的测序结果显示5条核酸序列长为379 bp,序列同源性为98%,说明单一的bufavirus毒株在这一地区的鼠群中流行。结论:(1)运用病毒宏基因组学方法掌握了鼠肠道病毒群落组成;(2)鼠肠道病毒群落中病毒种类呈多样性;(3)从鼠肠道病毒群落内发现了1株新型Gemycircularvirus、1株新型bufavirus。